היחידה הארצית לחקירות הונאה, בראשה תנ"צ מירי גולן, סיימה את החקירה בפרשת ההצבעות הכפולות בכנסת (יום א', 10.8.03). תיק החקירה הועבר לפרקליטות מחוז ירושלים, שליוותה את החקירה, על-מנת לבחון נקיטת הליכים משפטיים בפרשה.
המשטרה העבירה את התיק ללא המלצות. התיק כולל איפוא את העובדות שהתגלו - בהתאם להנחיות השר לביטחון פנים הקודם (עוזי לנדאו) שלא ליתן המלצות - ואלה ישמשו עתה את הפרקליטות לקבלת הכרעה: האם יש מקום להגשת כתב אישום נגד מי מהחשודים.
המשטרה פתחה בחקירה לאחר שהיועץ המשפטי לממשלה, אליקים רובינשטיין, הורה על פתיחה בחקירה. במהלכה נחקרו מספר חברי כנסת ונגבו עדוית.
בפרשה נחקרו באזהרה שר הפנים, אברהם פורז, וסגן השר לביטחון פנים, יעקב אדרי. פורז הודה בחקירה, כי אכן הצביע במקום השר כץ, אולם טען, כי עשה כן בתום לב. ככל הידוע, צילומי הטלוויזיה ומסקנות ועדת הבדיקה של הכנסת אוששו את טענתו.
סגן-השר אדרי הודיע, במכתבו לשר לביטחון הפנים, צחי הנגבי, מיום 22.6.03, כי הוא יוצא לחופשה מתפקידו עד תום חקירת המשטרה בעניינו. ראשון הנחקרים בפרשה היה ח"כ מיכאל גורלובסקי (ליכוד).
כמו כן נחקרו ח"כ וואסל טאהא (בל"ד), החשוד כי הצביע במקומו של שכנו לספסל, ח"כ ג'מאל זחאלקה. עימו נחקר ח"כ יחיאל חזן (ליכוד), לאחר שח"כ יעקב ליצמן מסר את שמו כמי שהצביע במקומה של ח"כ ענבל גבריאלי. עדות נגבתה גם מחברי הכנסת ישראל כץ ואלי אפללו (ליכוד). בסך הכל, גבתה המשטרה עדויות מ-13 חברי כנסת.
בעקבות הפרשה אישרה ועדת הכנסת אישרה התקנת כפתור זיהוי טביעת אצבע בהצבעות בכנסת. 10 חברים הצביעו בעד ו-3 התנגדו. המתנגדים להצעה טענו כי מדובר בביזיון הכנסת שיש לזהות את חבריה באמצעות מערכת הדומה לזו הפלילית.