בנציבות התקבלו תלונות שעניינן התמשכות החקירה המשטרתית. בירור התלונות העלה כי היה שיהוי לא מוצדק בניהול החקירות. אלה פרטי כמה מהתלונות:
1. ביולי 2006 הגיש מתלונן במשטרה תלונה על תקיפה. כעבור שנה, לאחר שלא עלה בידו לקבל מהמשטרה פרטים על הטיפול בתלונתו, הוא הגיש תלונה לנציבות.
בירור התלונה העלה כי לפני שפנתה הנציבות למשטרה, לא טופל התיק כלל. בעקבות התערבות הנציבות הועבר התיק בין גורמים שונים, ורק בינואר 2008, כשנה וחצי לאחר הגשת התלונה, הודיעה המשטרה לנציבות כי ניתנה הנחיה לזרז את החקירה.
מעקב נוסף של הנציבות העלה כי החשוד בתקיפה לא התייצב לחקירה אף שזומן אליה, וכי רק לאחר שהנציבות שבה ופנתה למשטרה הוצא נגדו צו מעצר. במאי 2008 החליטה המשטרה לסגור את תיק החקירה מכיוון שהחשוד לא אותר עד אז, ומכיוון שבאותה עת כבר עברו כמעט שנתיים ממועד האירוע.
המשטרה הסבירה כי היא מנסה לתת שירות מיטבי לאזרח אך לעתים, בשל עומס העבודה הרב והמחסור בחוקרים, נדרשות התחנות לקבוע סדרי עדיפות לעניין ביצוע החקירות, וכך קרה גם במקרה זה.
הנציבות מצאה כי היה שיהוי בלתי מוצדק בטיפול המשטרה בתלונה. לדעת הנציבות, אם המשטרה סברה שהתלונה מצדיקה פתיחת חקירה בעניינה, היה עליה לפעול לאיתור החשוד ולחקרו.
בעקבות פנייה נוספת של הנציבות הודיעה המשטרה כי מאחר שמדובר בחשדות לתקיפה על-רקע בריונות הוחלט לפתוח את התיק מחדש ולנסות לשוב ולאתר את החשוד.
2. המתלוננת קבלה על שהמשטרה טרם סיימה לחקור תלונה שהוגשה נגדה, אף על-פי שהחקירה נפתחה למעלה משנה לפני כן.
הבירור העלה כי תיק החקירה נפתח בספטמבר 2006. כעבור כחודשיים הועבר התיק לפרקליטות, ובסוף ינואר 2007 הוא הוחזר ללשכת התביעות במשטרה בצירוף הערה ולפיה על המשטרה להמשיך בחקירה מאחר שלא די בחקירה ובסיכום שבוצעו. התיק הועבר לתחנה במאי 2007, בצירוף הנחיות של לשכת התביעות בנוגע להשלמת החקירה. באוקטובר 2007 החזירה התחנה את התיק ללשכת התביעות, אך מכיוון שהתחנה לא השלימה את החקירה כנדרש הוא הוחזר אליה שוב. ביולי 2008, כמעט שנתיים לאחר שנפתח תיק החקירה, הועבר התיק שוב ללשכת התביעות אך הוחזר בשלישית לתחנה בשל אי-ביצוע השלמות החקירה במלואן.
הנציבות מצאה את התלונה מוצדקת והצביעה לפני מפקד המחוז על עינוי הדין שנגרם לחשודה עקב תפקודה הלקוי של התחנה. המשטרה הודתה כי מדובר בתיק פשוט יחסית, ולפיכך התמשכות הטיפול בו אינה מוצדקת. המשטרה הוסיפה כי ניתנה הנחיה להשלים במהירות את החקירה ולהעביר את התיק מיד ללשכת התביעות.
3. באפריל 2006 הגיש המתלונן תלונה במשטרה. בינואר 2008, כשנה ותשעה חודשים לאחר מכן, הוא הלין לפני הנציבות על התמשכות חקירת המשטרה בעניינו.
בירור הנציבות העלה כי כשנה לאחר שהוגשה התלונה, העבירה תחנת המשטרה את התיק לעיון לשכת החקירות במרחב וביקשה שהלשכה תעביר את הטיפול בחקירה ליחידה לחקירות הונאה. לשכת החקירות סירבה לבקשה והחזירה את התיק לטיפול תחנת המשטרה, ולחוקר ניתנו הנחיות לביצוע החקירה.
לאחר פניית הנציבות בפברואר 2008 שבה התחנה והעבירה את התיק לעיון לשכת החקירות במרחב וביקשה לשקול שנית את העברתו ליחידה לחקירות הונאה, אולם גם הפעם סירבה לשכת החקירות לבקשה והחזירה את התיק לתחנה.
רק בתחילת מרס 2008 החלה התחנה בביצוע חקירה עניינית, והחשוד והעדים זומנו למסור את הודעותיהם. בסוף אפריל 2008, כשנתיים לאחרשהוגשה התלונה במשטרה, הסתיימה החקירה והתיק הועבר בצירוף המלצת המשטרה לפרקליטות המחוז, לקבלת החלטתה בנושא.
הנציבות מצאה כי היה שיהוי בלתי מוצדק בטיפול המשטרה בתיק, וכי רק בעקבות התערבות הנציבות החלה חקירה עניינית בנושא, והיא הושלמה בתוך זמן קצר.
הנציבות העבירה את ממצאי הבירור למפקד המרחב, וזה הודיע לנציבות כי הוא מצא שהטיפול בתיק החקירה היה לקוי ועל כן מצא לנכון לנקוט צעדים, לרבות צעדים משמעתיים, נגד המעורבים בעניין.
4. בשנת 2004 הגיש המתלונן תלונה במשטרה על התפרצות למכוניתו ועל גנבת חפצים שונים מהמכונית, ובכללם פנקס המחאות. לאחר מכן הוא שב ופנה למשטרה כמה פעמים משום שהתברר לו כי ההמחאות זויפו והופקדו על-ידי אנשים שונים, אך פניותיו לא נענו. באוקטובר 2007 הוא פנה לנציבות בתלונה על כך.
בירור התלונה העלה כי התלונה הראשונה על התפרצות לרכב ועל גנבה הוגשה ביולי 2004, אך מכיוון שלא היו די ראיות לקיום המשך החקירה נגנז התיק. בספטמבר ובאוקטובר 2004 הגיש המתלונן שתי תלונות על זיוף המחאות שנגנבו מרכבו וציין את מקום הפצתן. מאחר שהתלונות על זיוף המחאות לא נגעו במישרין לתלונה על גנבת הרכב נפתח תיק חקירה נוסף, והוא הועבר לתחנה שבתחומה הופצו רוב ההמחאות.
התחנה שאליה נשלח התיק הודיעה כי לא קיבלה אותו, ולא עלה בידי הנציבות לברר מה עלה בגורלו של התיק; באותה עת השתמשה המשטרה במערכת ממוחשבת שונה מזו הפועלת כיום. אומנם התיק המועבר נרשם במחשבי התחנה שבה הוגשה התלונה, אך לאחר שהיא העבירה אותו לתחנה אחרת לא צוין דבר ההעברה במחשב, ופרטי התיק אף נמחקו מרישומי המחשב של התחנה המעבירה ולא ניתן היה לברר לאן הוא הועבר.
המשטרה הודיעה לנציבות כי כיום היא נעזרת במערכת ממוחשבת חדשה שמוזנים בה פרטי כל התיקים וכן מעודכנים בה הנתונים על העברות התיקים בין תחנות. המשטרה הוסיפה כי כדי למנוע הישנותן של תקלות כמו זו שאירעה במקרה זה, נותר רישומו של תיק המועבר לתחנה אחרת במעמד "פתוח" בתחנה השולחת עד לרישומו בתחנה המקבלת.
ביוני 2008, בעקבות התערבות הנציבות, נפתח תיק החקירה מחדש, המתלונן הוזמן למסור עדות ומסמכים, ותיק החקירה הועבר לטיפול התחנה המתאימה.
