למרות פרשת הקישון, רשויות צה"ל לא מונעות מחיילי חיל הים מלהתאמן בחופים מזוהמים. כבר בחודש מרס הודיע משרד הבריאות כי חופי העיר עכו מזוהמים וכי הרחצה בהם אסורה. למרות הודעה זו חיילי צה"ל בבסיס חיל הים בעכו המשיכו להתאמן בים.
במכתב שהגיע ביום ב' (27.6.05) ממשרד הביטחון לעמותת "צלול", הודיע המשרד כי בעקבות זיהום נחל הנעמן ומפרץ עכו, נסגר החוף הצבאי לאימונים. במכתב נכתב: "בתחילת חודש מאי דווח לחיל הים על סגירת חופי הים של עכו הסמוכים לחוף הצבאי, על בסיס מכתב ממשרד הבריאות שהופנה לראש עיריית עכו. עם קבלת ההודעה ולאחר התייעצות בין גורמים בחיל הים וחיל הרפואה, הוחלט על סגירת החוף הצבאי".
בתחילת חודש מאי קיבלה עמותת 'צלול' מידע כי הצבא מקיים את אימוני חיל הים בעכו למרות התרעות משרד הבריאות על זיהום הים במקום. העמותה פנתה בדחיפות למשרד הביטחון ולכלי התקשורת והתריעה כי חיל הים מקיים אימונים במקום בו המים מזוהמים.
ליעד אורתר, רכז 'צלול' בחיפה ובצפון אמר ל-Nfc: "בתחילת עונת הרחצה, בסמוך לחופשת הפסח, הודיע משרד הבריאות בכתב וכן דרך אמצעי התקשורת כי בחופי עכו אסורה הרחצה. חיל הים מקבל את המידע באופן שותף וכן היו דיווחים באמצעי התקשורת, אך החיילים המשיכו להתאמן במים המזוהמים".
הוא מציין כי רק בעקבות לחץ ציבורי שהופעל על-ידי הורי החיילים, על-ידי הארגון ועל-ידי אמצעי התקשורת ככתבת כרמלה מנשה, החליטו להפסיק את אימוני החיילים. "בתקופה הזו החיילים היו חשופים לזיהום והמכתב של משרד הביטחון מאושש את הטענות", הוא הוסיף.
משרד הבריאות סגר את כל החופים
במהלך החודשים האחרונים חלה הרעה משמעותית באיכות השפכים המוזרמים לנחל הנעמן ודרכו אל מפרץ עכו וזאת עקב עבודות תשתית המתבצעות במכון הטיהור של המפעלים הסמוכים לנעמן. פעילות זו מתבצעת לפי צו בית משפט המחייב את המפעלים לטפל בשפכיהם ולהפסיק את הזיהום עד ליום 1 באוקטובר 2005. ההרעה האמורה הביאה לכך שמאז תחילת עונת הרחצה נסגרו כל החופים של עכו והם כולם הוכרזו על-ידי משרד הבריאות כאזורים אסורים לרחצה. בסיס האימונים של חיל הים נמצא בסמוך לחופים אלו.
לדברי עו"ד יריב אברמוביץ', מנכ"ל עמותת 'צלול': "ממידע אמין שהגיע אל עמותת 'צלול' עולה, כי עד לתחילת חודש מאי נמשכו אימוני חיל הים ואלו כללו שעות רבות בים. מיותר לציין כי במהלך תקופה זו חניכי הקורס באו במגע עם מי הים, אלו בדיוק שנאסרו על-ידי משרד הבריאות לרחצה. מהמידע שברשותנו עוד עולה כי בכוונת הצבא לשוב בקרוב ולהתאמן במקום".
בתגובת דובר צה"ל נאמר, כי חיל הים אינו מתעלם מהוראות משרד הבריאות, ומתאמן בחוף הצבאי המרוחק משפך נחל הנעמן, צפונית לחופי הרחצה.
לדבריהם, מדי שבוע מתבצעות בחוף בדיקות תברואתיות בהתאם לתקנות משרד הבריאות, הבדיקות נבדקות במעבדות משרד הבריאות בחיפה ועומדות בכל התקנים ודרישותיו של המשרד. "עם זאת, מאחר והחופים הסמוכים לחוף הצבאי נסגרו ולמרות שכלל הבדיקות מהחוף הצבאי חזרו תקינות, הוחלט לנקוט משנה זהירות ולפי שעה לא לקיים אימונים במקום", נאמר בתגובה.
צלילת חיילי צה"ל בנחל הקישון הוגבלה מאוד בעקבות מסע ציבורי רחב של שורה של לוחמים מהקומנדו הימי, "שייטת 13" שטענו כי חלו בסרטן לאחר שצלול צלילות אימון במימי הקישון.