מנכ"ל משרד החקלאות, יוסי ישי ומזכיר ארגון מגדלי העופות, יעקב כהן, הגיעו להסכמה (ד', 22.3.06) לגבי מנגנון הפיצוי למגדלים שנאלצו להשמיד עופות בעקבות שפעת העופות. על-פי ההסכמה, המגדלים יקבלו בתוך שבוע מקדמות על סך 50% מהנזקים הישירים עקב השמדת העופות בהוראת השירותים הוטרינריים. הנוהל המהיר יחול גם על הלהקות שטרם הושמדו.
עוד סוכם, כי את יתרת הפיצויים יקבלו המגדלים תוך 30 יום עם הצגת המסמכים הרלוונטיים. גובה הפיצוי יקבע על-פי הקריטריונים הקבועים בתקנות להשמדת עופות, בהתאם לגיל העופות ומדדים אחרים.
משרד החקלאות, מועצת הלול וארגון מגדלי העופות הקימו צוות שתפקידו להעריך את הפיצויים הנגרמים למגדלים בגין ההסגר שהוטל על משקים בהם לא הושמדו עופות. בהתאם להחלטות הצוות יקבעו הפיצויים למגדלים.
בנוגע לנזקים שנגרמו למדגרות ולמשחטות, סוכם שנציגיהם יציגו בפני משרד החקלאות את הנזקים שנגרמו להם. כל הטיפול בסוגיית הנזקים העקיפים יובאו לדיון בוועדת המנכל"ים שהוקמה על-ידי הממשלה.
מזכיר ארגון מגדלי העופות, יעקב כהן, מסר שההסכמה עם משרד החקלאות היא צעד ראשון לפיצוי של המגדלים על האסון הכלכלי שנחת עליהם. לדבריו, התשלום המהיר של המקדמות יזרים מעט חמצן למגדלים שעולמם חרב עליהם.