משרד החקלאות השתתף באמצעות מינהלת ההשקעות, במענקים בסכום של 252 מיליון ש"ח, המהווים 23%-30% מכלל ההשקעות בחקלאות. יתרת הסכום ממומנת על-ידי החקלאים.
תקציב מינהלת ההשקעות חולק בשנת 2002 באופן הבא:
105.3 מיליון (41%) מוגדרים כתקציב "רגיל" - המופנה למימון חממות, נטיעת מטעים לייצוא, דגי מאכל ונוי וחקלאות ימית.
89 מיליון (34%) - הם תקציב ההשקעות לטובת הרפורמה ברפת.
66 מיליון (25%) - השקעות בתשתיות מים, אוטומציה ובקרה (הפעלת מערכות השקייה מרחוק).
עיקר תקציב ההשקעות הופנה לאזורי הפריפריה לפי הפילוח הבא:
לנגב ולערבה הופנו 31% מהתקציב, לעמקים 22%, לגליל ולגולן 17% ולעכו 4%.
במסגרת החלטת הממשלה אישר המשרד מימון של 34 מיליון ש"ח בהשקעות באזור קו העימות וביישובי גדר. המימון הופנה לטובת פרויקטים לנטיעת נשירים, הקמת לולים על-פי חוק הגליל ופיתוח תשתיות מים.
במסגרת מדיניות החסכון במים עודד משרד החקלאות העברת גידול ירקות משטחים פתוחים לחממות בשתי מועצות אזוריות - מרחבים ושדות הנגב (לשעבר עזתה). באזור המרכז נהנו בעיקר ממענקי הרפורמה ברפת וממענקים לטובת טיפול במערכות המים. סה"כ הופנו לאזור המרכז 26% מתקציב מינהלת ההשקעות.
בנוסף, אישר המשרד תקציב השקעות לטובת המגזר הערבי. המשרד השתתף במימון שיקום דרכים חקלאיות בשיעור של 60% מעלות התכנית. סך כל המענקים שהעניק המשרד לשיקום הדרכים החקלאיות - 5 מיליון ש"ח. כמו כן אושר תקציב למימון מפעל מים ומערכת לפיזור מים מושבים בסחנין.