בשנת 2001 חלה עליה חדה של כ-27% בתקציבים המבוקשים למו"פ על-ידי מפעלי תעשיה: 6.65 מיליארד ש"ח, לעומת 5.24 מיליארד ש"ח בשנת 2000. סך המענקים שהוענקו לתעשיה בתוכניות השונות עמד על 1.71 מיליארד ש"ח, לעומת 1.63 מיליארד ש"ח בשנת 2000 - גידול של 5.2%.
לדברי המדען הראשי, כרמל ורניה, "המשרד הצליח להגדיל את היקף התקציבים לתעשיה, למרות שתקציב המדען קוצץ ב-2000 ב-5% עקב הקיצוץ הרוחבי בכל משרדי הממשלה. הגידול התאפשר בכך זאת בזכות גידול בגביית התמלוגים. בנוסף מוחזרו מענקים של מעל 170 מיליון ש"ח, אשר במהלך השנה הסתבר שתוכניות מו"פ בגינם בוטלו או צומצמו.
התוכנית הגדולה ביותר של המדען הראשי התומכת במו"פ תחרותי, העניקה מענקים ל-643 פרויקטים שהוגשו על-ידי 409 חברות, בסכום כולל 1.33 מיליארד ש"ח.
בשנת 2001 פנו 267 חברות ללשכת המדען בבקשת מענק מו"פ ראשונה - גידול של 46% לעומת 183 חברות בשנת 2000. נתון זה נובע, ככל הנראה, מהצטמצמות מקורות הון חלופיים ומהשינויים הצפויים בחוק המו"פ, אשר יקטינו את הרתיעה הקיימת מפני שימוש במענקי מדען.
מבחינת חלוקת התקציב בין הסקטורים השונים, חלה עליה חדה במענקי המו"פ בשנת 2001 לעומת שנת 2000 לתחום הביוטכנולוגיה (4.3% מסך כל תקציב קרן המו"פ, לעומת 2.8% מהתקציב בשנת 2000), לתחום התרופות (6% לעומת 3.6%) ותחום הציוד הרפואי (5.8% לעומת 3.6%), זאת לעומת הצטמצמות מענקי המו"פ בתחומי התקשורת (44.7% לעומת 48.4% ב-2000) והאלקטרוניקה (16.7% לעומת 20.8%). שינויים אלה הינם שיקוף של ההשקעות במו"פ של המגזר העסקי בתחומים השונים.
הזמן הממוצע מהגשת בקשה ועד לדיון בוועדת המחקר קוצר ל-88 יום, לעומת 102 יום בשנת 2000, ולעומת 116 יום ב-1999. את השיפור מיחס המדען הראשי לנהלי עבודה חדשים, שהוכנסו בתחילת 2001, ולעמידת צוות המדען ביעד רמת השרות שקבעו לעצמם.
רמת הביקושים דומה לזאת של שנת 2001 - כך עולה מהבקשות שהגיעו מהחברות הגדולות והבינוניות. "גם אם רמת הביקושים בשנת 2002 תהיה גדולה מזו שבשנת 2001, נוכל להיענות לבקשות באותו יחס כמו בשנה שעברה, בזכות כניסתן של מרבית החברות הגדולות להסדר היוון חובות תמלוגים - דבר המקטין את הביקושים על-ידי חברות אלו. החברות פונות למסלול מענקים עבור מו"פ גנרי, מסלול אשר אינו מחייב תשלום תמלוגים".
ועדת המחקר צפויה לפרסם בסוף אפריל את החלטותיה לגבי מענקי מו"פ, לכל החברות שסך תקציבי הפרויקטים שהגישו למענקים עולה על 5 מיליון ש"ח לחברה. במועד זה מחייב המדען הראשי כ-85% מתקציבו השנתי בקרן מו"פ. היתרה עומדת לרשות חברות שתקציב המו"פ שלהן קטן מ-5 מיליון ש"ח, ואשר רשאיות להגיש בקשות בכל מעוד שהוא במהלך השנה.