הרמטכ"ל, רב-אלוף משה יעלון, קבע (ג', 4.01.05) כי יש לרשום הערה פיקודית למפקד השייטת, בגין הפער בנהלים המקצועיים, זאת בעקבות האירוע בו נהרג ב-3 דצמבר 2004 מבוקש פלשתיני בכפר רבא מזרחית לג'נין.
בתחקיר שנערך בראשותו של תא"ל יאיר גולן, התגלו פערים בין ההוראות הנהוגות בגזרה, לבין הנהלים שהכירו חיילי השייטת.
הרמטכ"ל ציין: "לא היה כשל ערכי או מוסרי בפעילות צוות השייטת באירוע המדובר, אך התרחשו מספר ליקויים מבצעיים".
המדובר באירוע שהתרחש בכפר ראבה, דרומית-מזרחית לג'נין. מצה"ל נמסר בשעתו, כי הכוח כיתר מבנה בו התבצרו החשודים וקרא להם להסגיר עצמם. אחד המבוקשים (שמצה"ל נמסר אז כי היה חמוש באקדח), ניסה להימלט, נורה ונהרג.
אולם ארגון 'בצלם' חשף עדויות של פלשתינים, שסיפרו כי חיילי היחידה ירו למוות במבוקש פצוע לא חמוש. מהתחקיר שערך הארגון, "עולה חשד כבד שחיילי צה"ל הוציאו אותו להורג כאשר היה מוטל פצוע על הארץ ולאחר שנשקו כבר נלקח ממנו".
אחד מעדי הראיה סיפר לארגון, כי אחד החיילים ביקש ממנו להביא את ארנקו של המבוקש. "ניגשתי אל מחמוד וגיליתי שהוא מת... מסרתי את הארנק לאחד החיילים... הוא ספר את הכסף שהיה בארנק, מעל 450 שקל. ואמר לי: 'קח את הכסף הזה ותן אותו לאלמנה'".
בעקבות כך השעה מפקד חיל הים, האלוף דוד בן בעש"ט, את הכוח שפעל מפעילות מבצעית והודיע על הקמת הוועדה שערכה את התחקיר.