קו הרכבת בין בית שמש לתל אביב, יחל לפעול כבר בספטמבר 2003. כך מסר (יום ב', 11.3.02) שר התחבורה, אפרים סנה.
לאורך תוואי הרכבת יוקמו שתי תחנות רכבת חדשות ברמלה ובית שמש. תחנה תפעולית נוספת של הרכבת תוקם בנחל שורק.
חידוש מסילת הברזל בין נען לבית שמש יכלול את שידרוג מסילת הברזל לאורך של 21 קילומטר, כולל ישור התוואי באזור המפגש של מסילת הברזל עם כביש חוצה ישראל. עלות הקמת הקו נאמדת בכ-100 מיליון ש"ח.
לדברי שר התחבורה, במחצית השניה של שנת 2004 תחל לפעול הרכבת בין ירושלים לתל אביב. בחודש שעבר פרסמה רכבת ישראל שלושה מכרזים לשדרוג הקו בין ירושלים לבית שמש. בקו תל אביב- ירושלים יופעלו 30 רכבות ביום, לשני הכיוונים. משך הנסיעה יהיה כשעה. עלות כל הקו מירושלים לתל אביב נאמדת בכ-400 מיליון ש"ח.