מכון שכטר למדעי היהדות קיבל הכרה מהמועצה להשכלה גבוהה כמוסד אקדמי ישראלי והוא מוסמך להעניק תואר שני במדעי היהדות. במשך 15 שנה, מ-1990 ועד היום, פעל מכון שכטר בירושלים כשלוחה ישראלית של בית המדרש לרבנים באמריקה (Jewish Theological Seminary) והתואר שהעניק היה תואר אקדמי אמריקני.
שמעון ארבל, מנכ"ל מכון שכטר למדעי היהדות, ציין כי בשנה האחרונה חל גידול משמעותי במספר הפונים למכון. "בעקבות הדרישה הגוברת ללימודים במכון בשנים האחרונות החלטנו להרחיב את הקמפוס בירושלים. האדריכלית. עדה כרמי נבחרה על-ידי ועדה בינלאומית לתכנן את הקמפוס החדש ועבודות התכנון כבר בעיצומן", אמר ארבל.
מכון שכטר מציע מגוון רחב של תוכניות לימודים לתואר שני במדעי היהדות. לצד הלימודים הקלאסיים של תלמוד, מקרא, מדרש ומחשבת ישראל ניתן למצוא תחומי לימוד כמו: לימודי האישה וחקר המינים, יהדות ואמנויות, לימודי ארץ ישראל, משפחה וקהילה ועוד.
במכון לומדים 460 סטודנטים מכל רחבי הארץ, דתיים לצד חילונים, המייצגים קשת רחבה של דעות ותפיסות בחברה הישראלית. הלימודים מרוכזים ביום או יומיים בשבוע, על-מנת לאפשר לסטודנטים עובדים להשלים את התואר בשנתיים.
הסטודנטים הלומדים בשכטר עוסקים בתחומי ההוראה, החינוך והקהילה והם מעבירים את רוח לימודי היהדות הפלורליסטית במכון אל המוסדות בהם הם פועלים.