במהלך השנים בנתה קרן ברל במתחם בית ברל, המשתרע על כ-1,110 דונם שחכרה מממ"י, בניינים חדשים ותוספות בנייה ששטחם אלפי מ"ר בלא היתרי בנייה, הדרושים על-פי חוק התכנון והבנייה, התשכ"ה-1965, ובלא אישור ממ"י, הנדרש על-פי חוזי החכירה עמו.
הקרן השכירה נכסים בדמי שכירות נמוכים יחסית, שלא שיקפו את שווי השוק. נמצאו הבדלים משמעותיים בין דמי השכירות ששולמו בגין נכסים בשטח דומה.
בשנים 2003-2009 לא גבתה הקרן מאות אלפי שקלים שהגיעו לה על-פי הסכם עם חקלאי שעיבד חלק מאדמותיה, והיא גם לא נתנה ביטוי לחוב בספריה.
בבחינת חוזי השכרת נכסים של הקרן הועלה כדלהלן: תשעה נכסים היו בשימוש אחרים בלא חוזה שכירות תקף; בשמונה חוזי שכירות לא צוינה תקופת השכירות באופן ברור; בארבעה מקרים חל במהלך תקופת השכירות שינוי בשטח המושכר ובדמי השכירות בלא שנמצא ביטוי לכך במסמך כלשהו; בכמה חוזים חסרו פרטים על מועד חתימת החוזה, שטח הנכס ומקומו; בארבעה חוזים לא נכללה דרישה לבטוחה לשם הבטחת העמידה בתנאי השכירות, וב-11 חוזים נדרשה בטוחה בסכום מסוים, אך הקרן לא עמדה על קיום הדרישה והשוכרים העבירו לקרן בטוחה בסכום שונה או שלא העבירו לה בטוחה כלל; בחוזים שבהם חויבו השוכרים לבטח את המבנה לא נקבע שוויו לצורך הביטוח, והשוכרים לא חויבו להמציא לקרן את פוליסת הביטוח.
לקרן לא היו רשימות מלאות, מסודרות ומעודכנות של הנכסים שיש לה זכויות בהם. היא לא ניהלה לגבי כל נכס תיק שבו מתויקים כל המסמכים הנוגעים לאותו נכס. מסמכים הנוגעים לנכסים היו מפוזרים בתיקים שונים, וחסרו מסמכים חשובים הקשורים לניהול העסקי של הנכסים.
עסקה במקרקעין בין קרן ברל ובין מכללת בית ברל
במרס 2006 חתמה קרן ברל על הסכם גישור עם מכללת בית ברל שמטרתו יישוב המחלוקת "הנוגעת לדמי חכירה שנתיים שהמכללה נדרשת לשלם לקרן לפי הסכם חכירה שנערך בין המכללה לבין הקרן".
לא היו החלטות של דירקטוריון הקרן המאשרות את הפנייה למגשר ואת הסכם הגישור. הדירקטוריון גם לא התווה מדיניות בדבר דרך פעולתה של הקרן במסגרת הליכי הגישור ובנוגע לעמדות שתציג, אף שהדבר נדרש לפי חוק החברות, התשנ"ט-1999 (להלן - חוק החברות).
בנובמבר 2008 סוכמה במסגרת הליכי הגישור עסקה בין קרן ברל ובין המכללה ולפיה תשלם המכללה לקרן 98.3 מיליון שקלים. העסקה הוגדרה בהסכם ביניהן עסקת היוון של דמי חכירה שעל המכללה לשלם לקרן תמורת חכירת משנה של נכס ששטחו כ-140 דונם ועליו בנויים מבנים רבים. ואולם במסגרת העסקה גם ויתרה קרן ברל ללא תמורה על זכויות החכירה במקרקעין האמורים. בפועל, במהותה הייתה זו עסקת מכירה, שבה התחייבה הקרן לוותר לטובת המכללה על החכירה הראשית של הנכס מממ"י בתמורה לסכום שהוגדר דמי חכירה מהוונים.
במהלך הליך הגישור העריך שמאי הקרן את שווי הנכסים שעליהם חלה העסקה בסכום של כ-178 מיליון ש"ח. בתיקי הקרן לא נמצאו מסמכים המבהירים מדוע הוסכם שהתמורה שתשולם תהיה 98.3 מיליון ש"ח, סכום הנמוך בכ-45% מהערכת השמאי האמורה, ומפרטים כיצד נקבע שיעור ההפחתה. התמורה שתקבל הקרן בפועל-אף נמוכה מהתמורה המוסכמת.
מדרך פעולתה של קרן ברל עולה כי היא ביקשה להיענות לבקשתה של מפלגת העבודה לממש את נכסי הקרן כדי לשפר את מצבה הכלכלי הקשה של המפלגה, ועל כן הסכימה לעסקה שבה נקבעה תמורה הנמוכה במידה ניכרת מהתמורה הראויה.
לקרן ברל נגרמו הפסדים נוספים עקב ליקויים בהסכם עם המכללה: בהסכם לא פורט השווי המדויק של קתדרה ללימודי תנועת העבודה שהתחייבה המכללה להקים. לא נקבעו תקנים לתפעול ארכיון מפלגת העבודה, שהאחריות לו הועברה למכללה, ולפעילות הקתדרה שתוקם. דמי החכירה בעבור ספרייה הפועלת במקום לא נכללו בסכום התמורה שעליה הוסכם.
למפלגת העבודה, בעלת השליטה בקרן, היה עניין אישי בעסקה, שכן היא הייתה אמורה לקבל חלק מהתמורה לכיסוי חובותיה. למרות זאת לא הובאו העסקה וההסכם לגביה לדיון בוועדת הביקורת של קרן ברל, כמתחייב על-פי חוק החברות; עקב כך אישור הדירקטוריון לעסקה לא נעשה כדין. גם אישור האספה הכללית של קרן ברל לעסקה לא ניתן כדין, משום שלא התקבל ברוב הנדרש של בעלי מניות הקרן כנדרש בחוק החברות ובתקנון הקרן.
העדר כדאיות כלכלית של העסקה והעדר סיבה משכנעת לויתור הקרן על זכויותיה במקרקעין מצביעים על כך שלא נשמר התנאי שנקבע בפקודת החברות שהעסקה אינה פוגעת בטובת החברה.
העברת זכויותיה של הקרן למכללה הייתה השלב הראשון של עסקה דו-שלבית, שבמסגרתה ביקשה הקרן בשלב הראשון לממש את זכויותיה בנכסים על-מנת שבשלב השני תועבר חלק מהתמורה למפלגת העבודה לכיסוי חובותיה. אף על-פי שהעסקה הייתה שלב ראשון של עסקה חריגה עם בעל מניות השליטה בקרן, היא לא הובאה לפני בית המשפט כדי שיבחן אותה כנדרש בחוק.
קודם החתימה על ההסכם עם המכללה לא פנתה הקרן לממ"י לקבלת אישורו או השגותיו, אף שהדבר מתחייב מהסכם החכירה עמו, והיא אף לא העבירה אליו העתק של ההסכם בדיעבד.
הדיווח המילולי לשנת 2008 שהגישה קרן ברל לרשם ההקדשות על העסקה לא היה מלא וחסרו בו פרטים מהותיים.
מנכ"ל הקרן הגיע לבדו להסדר עם המכללה במסמך הבנות, שבו ויתר בשם הקרן על חובות של המכללה בסכום כולל של כ-2.5 מיליון ש"ח. לא נמצאו מסמכים המנמקים את הוויתור, ותוכן המסמך לא הובא לידיעת דירקטוריון הקרן ולאישורו כנדרש בתקנון הקרן. דירקטוריון הקרן לא עשה דבר על-מנת להביא לביטולו של מסמך ההבנות, אף שוועדת הביקורת של הקרן דרשה ממנו לעשות כן.