לאחר כיבוש ממלכת ישראל הצפונית ע"י אשור בשלהי המאה ה-8 לפנה"ס הגיעו הישראלים הראשונים, גולים מעשרת השבטים לאירן. גל נוסף הגיע לאחר כיבוש ממלכת יהודה ע"י בבל ב-586 לפנה"ס. הישראלים והיהודים הקימו קהילות באירן. העיר איספהאן נוסדה ע"י גולי יהודה. בעיר הבירה פרספוליס, היא שושן המקראית, הייתה קהילה נוספת .
השושלת האחמנית (559 – 330 לפנה"ס)
כורש דגל במדיניות של חופש דתי וסובלנות כלפי העמים בהם שלט.
הכרזת כורש ב-538 לפנה"ס הביאה לשיבה של יהודים מאירן לארץ, אבל באירן נשארה קהילה יהודית. מעמדם של היהודים תחת השושלת האחמנית היה מכובד ורבים הגיעו לעמדות מפתח.
ספר אסתר
עד ימיו של כסרכסס, שהחוקרים מזהים אותו עם אחשוורוש המקראי(485-465 לפנה"ס) היה מצבם של יהודי אירן טוב. יחס השלטונות היה חיובי והם שמרו על קשרים הדוקים עם ראשי הגולה בבבל ומרכזי התורה בסורא, נהרדהא ופומבדיתא.
כסרכסס, בניגוד לסבו כורש, סטה מהמדיניות הסובלנית שאיפיינה את השושלת האחמנית.
סיפור מרדכי ואסתר שייך למלכותו של כסרכסס, לאחר שובו מהמלחמה נגד היוונים בה נוצח בבמספר קרבות (קרב תרמופילאי ב-480, ובקרב מיקאלה ב-479).
המקורות היוונים מספרים שלאחר המפלות שספג הוא התמסר ליי הוללות. בתרגום היווני של ספר אסתר נאמר שהמן היה ממוצא יווני- מוקדוני. הוא מכונה ה"אגגי", שיבוש של הים האיגאי.
פרשת אסתר בהקשר למאבקי כוח בפוליטיקה האירנית
ידוע ממקורות שונים שהיו יוונים שעלו לגדולה בחצר המלכות הפרסי ועל-פי השערות חוקרים, לאחר המפלות יש מחלוקת בפוליטיקה הפרסית בין השואפים להגיע להסכם שלום עם היוונים ובין המתנגדים. כנראה שהמן היווני היה בעד אוריינטציה יוונית ואילו מרדכי היהודי, שהיה גם הוא במעמד מכובד בחצר המלך, התנגד למגמה זו. התנכלותו של המן ליהודים הייתה, כנראה, על-רקע זה. המן האשים את היהודים בחוסר נאמנות, בקיום מדינה בתוך מדינה. אבל, מרדכי מצליח לשכנע את המלך שכוונתו של המן להשליט את המוקדונים על הממלכה וזה הביא למפלתו של המן.
לאחרונה הכריזה אירן על קברי אסתר המלכה ומרדכי היהודי בעיר המדאן כאתר לאומי. ראש משרד המורשת התרבותית והתיירות של אירן אמר שהאתר הקדוש ליהודים נכנס לרשימת האתרים הלאומיים של המדינה.
כיום נותרו בהמדאן, הלא היא שושן הבירה, יהודים מעטים, אבל בשנות ה-1940 חיו בה כ-10,000 יהודים.
השושלת הסאסנית (205/225 – 622 לס')
שינוי לרעה פעם נוספת במצבם של היהודים החל ב-225 לס' כאשר הסאסנים, שהיו קנאים לדת זרתוסטרא, כבשו את אירן. השושלת הסאסנית שלטה מ-205 לס' עד 632 מצבם של היהודים הורע והם סבלו מגזירות ורדיפות ורבים מתו על קידוש השם. בין השנים 459 – 484 נערכו פרעות ביהודים.
יהודי אירן תחת שלטון הערבים והאיסלאם (632- 1219 )
סביב אמצע המאה ה-7 לס' כבשו המוסלמים את אירן. היהודים קיבלו אוטונומיה דתית, אבל הופלו לרעה על-פי "תנאי עומר". מצב היהודים הידרדר במאה ה-8 כאשר הופיע משיח שקר בקרב היהודים, אבו עיסא מאיספהאן ושכנע את היהודים למרוד. המרד נכשל ומצבם של היהודים הורע עוד יותר.
הכיבוש המונגולי (1219 – 1502)
בין 1221- 1258 כבשו המונגולים את אירן ושלטו עד סוף המאה ה- 15. יש חילוקי דעות לגבי מצב היהודים תחת שלטון המונגולים. על-פי מקור אחד יחסם החיובי של המונגולים ליהודים שיפר את מצבם. יהודים הגיעו למשרות בכירות. על-פי מקור אחר הכיבוש המונגולי היה מלווה בהשמדת קהילות שלמות.
השושלת הסאפאבית (1502 – 1736)
בין 1501 – 1736 השתלטה השושלת הסאפאבית על אירן. הם היו קנאים שיעים והיהודים סבלו מפרעות ומעשי אלמות. כמו-כן, הוטלו עליהם חוקים מפלים.
שושלת קג'אר (1796- 1925)
הגבירה את הרדיפות נגד היהודים:
תבריז - תחת שלטונם נטבחו ב-1829 כל יהודי קהילת תבריז, כ-7,000 נפש, בעקבות עלילת דם.
משהד - יהודי משהד אולצו להתאסלם, ב-1839.
שיראז - יהודי שיראז, אולצו להתאסלם לאחר שכל 9 בתי הכנסת נהרסו. 2,500 מתוך 3,000 יהודי שיראז התאסלמו.
בארפורוש - ב-1884 נערך טבח ביהודי בארפורוש.
טהרן - יהודי העיר סבלו מהשפלות. גם הערים נוספות היו מעשי טבח. מספר יהודי אירן ירד מ-50,000 ל-25,000.