היתרון העצום בהגנה על תוכנת מחשב באמצעות פטנטים הוא בחוזק הזכויות הניתנות ע"י חוק הפטנטים. בעל פטנט רשום יכול למנוע אחרים מלעשות, להשתמש או למכור מוצרים המפירים את הפטנט הרשום. בהקשר של תוכנה, בעלים של פטנט רשום יוכל, למשל, למנוע אחרים מלהשתמש באלגוריתם לשימוש מוחשי מסוים (למשל אלגוריתם לדחיסת תמונת GIF) ללא רשות, או מלשווק תוכנת מחשב אשר מבצעת פעולה באופן מסוים (לדוגמה שליטה בתליך ייצור).
בניגוד לפטנט, מאפשרים דיני זכויות היוצרים, למנוע העתקה אך רק של דרך ביטויו של רעיון. בהקשר של תוכנה, יוכל בעל זכות היוצרים למנוע את שכפולה של התוכנה, העתקה של קוד התוכנה (source code)והעתקת תצורת המסכים ותוכנם.
הגנה רחבה יותר של זכויות יוצרים מקיפה גם את שלבי הפיתוח של התוכנה, אך נדרש להוכיח כי למפר הייתה גישה למסמכי הפיתוח (כלומר, נדרשת הוכחה של העתקה בפועל).
יש לציין כי מאחר ובמהותם, דיני זכויות היוצרים נועדו להגן על דרך ביטוי הרעיון ולא על הרעיון עצמו, הרי שדינים אלו לא יוכלו למנוע פיתוח של תוכנה מתחרה הכוללת את אותם הרעיונות של תוכנה קיימת.
לפיכך, האסטרטגיה המועדפת להגנה על תוכנות מחשב הינה רישום פטנט, המאפשר הגנה על העקרונות והאלגורתמים העומדים בבסיס התוכנה.
אולם - רישום פטנטים על תוכנות מחשב לא היה בעבר דבר טריוויאלי ועד היום קיימת מחלוקת בסוגיה. מאחר ובבסיס כל תוכנה עומד אלגוריתם הנחשב לרעיון אבסטרקטי, ומאחר ורעיונות אבסטרקטים מנויים כאחד הסייגים לרישום פטנט, נקבע כי אלגורתמים כלשעצמם אינם יכולים להרשם כפטנט. גישה זו מנעה בעבר רישום פטנטים על תוכנות מחשב.
במשך השנים, השתנתה בהדרגתיות המדיניות של משרדי הפטנטים, והכירה ברישום פטנטים על תוכנות המשולבות בתהליך חיצוני בעל תועלת לכשעצמו.
מדיניות הרישום שונה בכל מדינה ומדינה, כאשר ארה"ב, אשר הכירה לראשונה ברישום פטנט על תוכנות, נחשבת לבעלת המדיניות הטולרנטית ביותר בנושא זה. להלן סקירה תמציתית של המגמה הכללית בארה"ב, אירופה וישראל ברישום פטנטים על תוכנות מחשב.