בהודעת רשות המיסים מיום 27.6.2006, נקבע כי שיעור מס השכר המוטל על מלכ"רים ומוסדות כספיים יופחת ביום 1.7.2006 משיעור של- 8.5% לשיעור של- 7.5%.
הפרסום הרשמי של הצווים בקובץ התקנות (הרשומות) נעשה רק ביום חמישי ה- 29 ביוני 2006, קרי פחות מיומיים לפני כניסתן לתוקף. יתרה מכך, ברור כי צווים אלה לא מגיעים מיידית לידי האזרחים ולוקח לעיתים כמה ימים עד קבלתם, וזאת במיוחד כאשר הפרסום נעשה לקראת סוף השבוע. כך ניתן לראות כי אף רשות המיסים שמזדרזת בדרך כלל להוציא הודעות ולפרסמן באתר, לא הצליחה הפעם להעלות את הצווים לאתר האינטרנט לפני 2.7.2006.
מצב דברים בלתי תקין זה, גרם לאי וודאות ובלבול בקרב הציבור. שכן וכל עוד לא פורסמו הצווים, לא ניתן היה לשקול מראש את הצעדים בהתאם. זאת במיוחד לאור פסקה 3 שהסתננה לה לצו מס ערך מוסף (שיעור המס על מלכ"רים ומוסדות כספיים)(תיקון), התשס"ו-2006. לפי פסקה זו:
"בשנת 2006 יחול צו זה לגבי השכר המשתלם בעד עבודה בחודש יולי 2006 ואילך ולגבי מחצית מהרווח בשנת מס זו."
החדשנות שבפסקה זו הינה באי התאמתה לנוסח החוק ולנוהג שהשתרש במשך שנים בכל הנוגע לשינוי שיעור מס השכר. מקובל ונהוג היה כי החבות במס השכר תיקבע בהתאם למועד התשלום בפועל של השכר, וכך גם שיעור המס החל.
ואולם, בשינוי האחרון החליט שר האוצר לחרוג מנורמה זו ולקבוע את שיעור מס השכר על בסיס מצטבר (ויודגש, שיעור מס השכר ולא החבות במס שכר). חדשנות זו פועלת, כצפוי, לטובת רשויות המס, שכן על שכר חודש יוני שמשתלם בפועל, בדרך כלל, בחודש יולי יחול מס שכר בשיעור של 8.5% ולא בשיעור המופחת.
יוצא איפוא, כי מלכ"רים ומוסדות כספיים שהחליטו לדחות את תשלום שכר העבודה לחודש יולי מטעמים של חסכון במס שכר לא הרוויחו מכך (למעט התשואה על הכספים שלא שולמו לעובדים).
עם זאת וכהרגלנו, הצלחנו לאתר גם בעניין זה את נקודת אור: לא מעט מלכ"רים משלמים לעובדיהם מפרעות ותשלומים על חשבון שכר העבודה. תשלומים אלה מחוייבים במס שכר על בסיס מזומן, כאמור לעיל. יחד עם זאת, שונה הוא הדבר בנוגע לקביעת שיעור מס השכר החל. כך, מלכ"רים ששילמו מפרעות כאמור על חשבון השכר של חודש יולי והעבירו לרשות המיסים את מס השכר החל בשיעור של 8.5%, יהיו רשאים לבקש לתקן את הדיווחים ולהחזיר את מס השכר ששולם ביתר (1% מהשכר).
הוא הדין גם בנוגע לתשלומים חד-פעמים שניתנו לעובדים כגון בונוסים, שי לחג וכדומה. ניתן לראות בתשלומים אלה- שמשתלמים בעיקרון בעד עבודתו המתמשכת של העובד- כאילו שולמו עבור עבודתו במשך כל שנת המס, וכך לראות בחלק ממנו כ- "שכר המשתלם בעד עבודה בחודש יולי 2006 ואילך" ולשלם בגינו מס בשיעור המופחת. פעולה זו עשויה לחסוך למלכ"רים ולמוסדות כספיים מס שכר בסכומים משמעותיים. מצד שני, בונוסים שישולמו במהלך שנת 2007 למנהלי בנקים וחברות ביטוח בגין רווחי שנת הכספים 2006 יחוייבו בחלקם בשיעור מס שכר של 8.5% ולא 7.5% שכן הם שולמו בגין העבודה שבוצעה בשנת 2006 ומחציתה בתקופה שעד סוף יוני 2006.