כמו כל אנשי דורו, ההיסטוריה האישית של רפי אילן שזורה בסיפורה של מדינת ישראל. הוא נולד בשלהי שנת 1928 בעיר במברג בגרמניה למשפחה יקית שורשית, דתית וציונית, בנם של ד"ר שלמה ומוזלה ויקסלבום. אביו, אותו העריץ, היה בגרמניה דוקטור למשפטים, וגם סופר שכתב ספרי בלשות, וממנו ככל הנראה ירש רפי אילן את כישרונו הספרותי. ב-1933, בהיותו בן 4 עלה רפי עם הוריו לארץ. המשפחה התגוררה תחילה בירושלים ובהמשך עברה להתגורר בפתח תקוה שהייתה בשנים אלה עדיין מושבה-ישוב בעל צביון כפרי.