לאחר שחרורו מצה"ל נסע אלון לאוסטרליה שם השלים לימודי תואר ראשון ושני במדעי המחשב באוניברסיטת מונאש בעיר מלבורן. לאחר מכן המשיך ללימודי דוקטורט במדעי המחשב באוניברסיטת ניו סאות' וויילס בקנזינגטון, סידני. ב-2005, במסגרת עבודת הדוקטורט, פיתח אלון אלגוריתם אשר נועד לאפשר למנוע חיפוש לפענח טוב יותר את ההקשר (קונטקסט) של שאילתות המוצבות על ידי המשתמשים. האלגוריתם, אשר זכה לשם "אוריון", נרשם כפטנט וב-2006 נרכש על ידי חברת גוגל תמורת מספר לא ידוע של מליוני דולרים, בו חלקו אלון ואוניברסיטת ניו סאות' ויילס.
לאחר מכירת האלגוריתם החל אלון לעבוד במשרדי גוגל באוסטרליה ולאחר שהשלים את לימודי הדוקטורט עבר לעבוד במטה החברה בארה"ב. במסגרת עבודתו בחברה עסק אלון בהטמעת האלגוריתם שפיתח במנוע החיפוש של גוגל, בתחילת כמתכנת ולאחר מכן כראש צוות.
כעבור כ-3 שנים עזב אלון את גוגל, פנה לדרך עצמאית וקים חברת הזנק בשם ג'ולפן אשר עסקה בפיתוח אלגוריתם שיאפשר לבצע לחפש ולזהות אירועים וטרנדים ברשתות חברתיות בזמן אמת. לצורך הפעלת ג'ולפן גייס אלון 4.5 מליון דולר מחברת מיקרוסופט. ב-2011 רכשה חברת טוויטר את ג'ולפן תמורת 40 מליון דולר (במזומן ובמניות). כחלק מהסכמות עסקת הרכישה שימש אלון כמנהל מרכז הפיתוח של טוויטר בניו יורק למשך שנה.
ב-2012 הקים אלון את חברת קומפאס, אשר פתיחה והפעילה פלטפורמה אינטרנטית לסוכני נדל"ן ולקוחותיהם. הפלטפורמה מציגה מידע מפורט ועדכני על שכונות ואזורים ביחס לעסקאות הנדל"ן שבוצעו באזור וכן מידע כללי רלוונטי נוסף. קומפאס יועדה לאפשר לשני הצדדים בעסקאות מכירה והשכרה של דירות לקבל החלטות מושכלות יותר לגבי תמחור הנכס בהתאם לאזור בו הוא נמצא, מגמות עדכניות וכו'. עיקר הכנסותיה של החברה מבוסס על עמלה אותה היא גובה מעסקאות שמבצעים סוכני נדל"ן בפלטפורמה. למן הקמת החברה משמש אלון כיושב-ראש קומפאס.
ב-2014 גייסה קומפאס 40 מליון דולר על פי שווי חברה של 360 מליון דולר. בשנים לאחר מכן ביצעה החברה מספר סבבי גיוס נוספים, כאשר שווי החברה ממשיך לעלות. ב-2017 גייסה החברה 450 מיליון דולר מקרן ההשקעות של תאגיד הענק היפני סופטבנק, על פי שווי חברה של 2.2 מיליארד דולר. עיקר פעילותה של קומפאס מכוון לשוק האמריקאי. נכון ל-2018 מעסיקה החברה למעלה מ-4,000 עובדים.
לצד פעילותו בקומפאס החל אלון לעשות שימוש בהונו על מנת לבצע השקעות בחברות טכנולוגיה אחרות, בעיקר באמצעות קרן השקעות שהקים בשם: אלון ונצ'רס. בין היתר השקיע בחברות: ספוטיפיי וליפט.
הפועל ירושלים
הפיכתו של אלון לאדם מוכר בציבוריות הישראלית ארעה בשל החלטתו להפוך לבעליו של מועדון הכדורסל הפועל ירושלים. ב-2013 עמד אלון בראש קבוצת משקיעים אשר רכשה 90 אחוזים מהבעלות על המועדון. בעונות המשחק לאחר מכן השקיע מהונו על מנת לסייע לקבוצה להגיע להישגים וזו אכן הצליחה ב-2015 לזכות לראשונה בתולדותיה באליפות ליגת העל ושנתיים לאחר מכן לזכות באליפות בשנית.
באמצע 2018 הודיע אלון על סיום מעורבותו בהפועל ירושלים, בנימוק כי הוא נדרש להקדיש את זמנו לניהולה של קומפאס.
