במקביל לכהונתו כראש ישיבה שימש כרב קהילת ניצנים בשכונת בקעה בירושלים ובמסגרת זו החל להעביר שיעורים שבועיים אודות פרשת השבוע, שזכו לפופולריות רבה. בעקבות התרבות קהל השומעים החל להעביר את שיעורי פרשת השבוע במסגרת מכון שי באוניברסיטת בר-אילן ובבית הכנסת ישורון בירושלים. למשך מספר שנים שודרו השיעורים שהעביר בכלי תקשורת שונים: הערוץ הראשון, ערוץ 7, רשת א', רדיו מורשת וערוץ התכלת בכבלים.
ב-2002 עזב את תפקידו בישיבת חורב ועבר לכהן כראש ישיבת הכותל בירושלים, באותה שנה הקים את "מבראשית", עמותה המפעילה מגוון של יוזמות חינוכיות לגיבוש וחיזוק מכנה משותף בין ציבורים וקהילות יהודיות בישראל ובתפוצות.
יחוסו המשפחתי, בקיאותו בתורה ותכונות כריזמה וחום אנושי בהן ניחן, כך על פי רבים מאוהדיו, גיבשו את מעמדו כדמות מנהיגותית ואחד הרבנים המובילים והנערצים במגזר הציוני-דתי. בשל מעמדו זה הופנו לו במהלך השנים מספר הצעות לעבור לזירה הפוליטית. ב-2005, לקראת הבחירות לכנסת ה-17 הוצע לו לעמוד בראש הרשימה המשותפת למפד"ל ולאיחוד הלאומי, אולם הוא סירב להצעה כמו גם להצעות קודמות לה.
הרשעה בעבירות מין
ב-2006 יצא לחופשה מתפקידו כראש ישיבת הכותל ועבר להתגורר עם משפחתו במושבה מגדל, בסמוך לכנרת. במקביל חדל להעביר את השיעורים השבועיים באוניברסיטת בר-אילן ובבית הכנסת ישורון. באותה עת לא נודעה הסיבה למהלך וההערכה הנפוצה הייתה כי המניע הוא תשישות ומצב בריאותי לקוי. ב-2007 התפטר באופן רשמי מתפקידו כראש ישיבה והודיע כי בכוונתו להתמסר לכתיבת ספר פירושים לחמישה חומשי תורה. ב-2008 החל להעביר שיעורים שבועיים במקום מושבו במגדל, אליהם הגיעו רבים מתלמידיו ואוהדיו.
ב-2010 פורסם כי המניע לפרישתו מתפקידו כראש ישיבה היה סיכום שהושג בינו ובין פורום תקנה, בעקבות תלונות שהגיעו לפורום על התנהלות מינית לא נאותה. על פי מידע שפרסם פורום תקנה, ב-2005 הגיעו לידי הפורום שתי עדויות על מעשי הטרדה מינית לכאורה שביצע בנערים. בעקבות עימותו עם העדויות, כך על פי הפרסום, הסכים להשית על עצמו מגבלה על פיה ימנע לשהות במקום סגור עם נער, ללא נוכחות של אדם נוסף. ב-2006 הגיעה לידי הפורום עדות נוספת על קשר מיני ממושך שקיים לכאורה עם מתלונן נוסף, תוך קיומם של יחסי מרות בין השניים. בעקבות עדות זו סיכם עם פורום תקנה כי יפרוש מתפקידו כראש ישיבה וימנע מפעילות חינוכית ומפגשים עם נערים, בתמורה הסכים הפורום לשמור על חשאיות בנוגע לעדויות ולסיכום בין הצדדים. על פי פורום תקנה, לאחר שנודע לחברי הפורום, כי אלון שב לעסוק בפעילות חינוכית ולהיפגש עם תלמידים נערים, הוחלט לפרסם את הדברים ברבים.
בעקבות פרסום הפרשה הורה היועץ המשפטי לממשלה יהודה וינשטיין למשטרה לפתוח בחקירה. בחקירת המשטרה נמצא כי על חלק מהעבירות לכאורה בהן נחשד חלה התיישנות. במהלך החקירה הגיעו לידי המשטרה עדויות של מתלוננים נוספים ואלה הובילו להחלטה על הגשת כתב אישום נגדו על עבירות של מעשה מגונה בכוח. בתגובה לכתב האישום הכחיש אלון את המיוחס לו וכן טען, בניגוד לטענת פורום תקנה, כי מעולם לא הודה בהתנהגות מינית לא נאותה. באוגוסט 2013 הורשע בשתי עבירות של מעשה מגונה בכוח ונידון ל-6 חודשי עבודות שירות, 15 חודשים של מאסר על תנאי ותשלום פיצוי כספי לנפגע העבירה.
גם לאחר הרשעתו בעבירת מין המשיך בהעברת שיעורים ובמפגש עם תלמידים צעירים. ב-2017 הקים בית מדרש חדש בירושלים ומונה לעמוד בראשו.
בדצמבר 2018 פורסם כי לידי פורום תקנה הגיעה עדות חדשה (מלווה בהוכחות), על פיה גם לאחר הרשעתו ביצע פגיעה מינית במתלונן נוסף. על פי הפרסום, בדיון מול הנהלת הפורום הודה במעשים המיוחסים לו והסכים לחדול מהעברת שיעורים ולקבל טיפול פסיכולוגי. בעקבות פרסום הפרשה החלה הרבנות הראשית בהליכים להסרת הסמכתו כרב.
