בשנת 1999 גייסה "ישראל אחת" בראשותו של אהוד ברק מיליוני שקלים למסע הבחירות לראשות המממשלה באמצעות עמותות שונות. מבקר המדינה, אליעזר גולדברג, קבע בשנת 2000 שפעולות אלו עמדו בניגוד לחוק מימון מפלגות והמשטרה פתחה בחקירה. ברק טען שלא ידע על הצד הכספי של הקמפיין. ראש מטה הבחירות, יצחק הרצוג, שמר על זכות השתיקה. חשודים אחרים טענו שהחוק אינו חל על בחירות ישירות לראשות הממשלה: היועץ האסטרטגי טל זילברשטיין, מנהל הקמפיין ויצמן שירי וגיסו של ברק דורון כהן.

בנובמבר 1992 נהרגו חמישה מלוחמי סיירת מטכ"ל בתאונת אימונים במתקן צאלים, באירוע בו נכח אהוד ברק שהיה אז הרמטכ"ל. שלוש שנים לאחר מכן נשמעו טענות על טיוח האירוע ועל כך שברק נטש את המקום לפני שווידא שהפצועים יטופלו. בשנת 1999 קבע מבקר המדינה, אליעזר גולדברג, כי הוראותיו של ברק לקראת התרגיל יצרו אי-בהירויות, אם כי הוא אינו נושא באחריות כלשהי לאסון. נקבע שלא עזב את המקום לפני הטיפול הרפואי, ולא נמצא בסיס לטענות על תיאום עדויות ונסיונות השתקה של עדים.

נילי ברק-פריאל העסיקה בבית הזוג עובדת זרה בלתי חוקית מהפיליפינים, ורג'יניה נאברו. ברק הודתה בהעסקת העובדת והביעה נכונות לשלם קנס מינהלי, אך המדינה החליטה להעמיד אותה לדין. במסגרת זו טענה ברק לאכיפה בררנית וביקשה לבטל את כתב האישום, בנימוק שלא הייתה סיבה להגשתו. משפטה עודנו מתנהל.

נילי ברק-פריאל הקימה את חברת הייעוץ טאורוס, תוך ניצול מעמדו של בעלה, אהוד ברק. פריאל-ברק כתבה בפנייתה ללקוחות פוטנציאליים, כי היא מכוונת ל-900-800 האישים הבכירים ביותר בישראל. בעקבות חשיפת הפרשה, החליטו בני הזוג על סגירת החברה באופן מיידי. מבקר המדינה, מיכה לינדנשטראוס, קבע שהקמתה נגדה את כללי ועדת אשר ונעשתה - בניגוד לטענתו של ברק - בלא כל דיווח למשרדו ובוודאי בלא קבלת אישורו.