בפרשת קצב ספג מני מזוז ביקורת חריפה מכיוונים רבים. היא החלה כאשר חתם על הסדר הטיעון ממנו הושמטו עבירות האונס, אם כי בג"ץ אישר את ההסדר ברוב של ארבעה שופטים מול שלושה. לאחר שמשה קצב חזר בו מן העסקה, החליט מזוז להאשימו גם במעשי אונס - וכאן נטען, בעיקר בידי ההגנה, שהוא דיבר בשני קולות, לאחר שבבג"ץ הצביע על חולשת הראיות לגבי האונס. מזוז טען, כי בזמן שחלף בין האירועים התחזקו הראיות; קצב אכן הורשע בעבירות אלו. ביהמ"ש המחוזי ואחריו ביהמ"ש העליון מתחו ביקורת קשה על ראיונות שהעניק מזוז בעיצומה של הפרשה, ובהם קבע קטיגורית את אשמתו של קצב.

מני מזוז היה מי שהחליט, בתפקידו כיועץ המשפטי לממשלה, על פתיחת החקירה נגד אהוד אולמרט בפרשות ראשונטורס, טלנסקי ומרכז ההשקעות, כשם שהחליט על סגירת התיקים נגדו בפרשת כרמיה ובנק לאומי. מזוז גם היה מי שנתן גיבוי להחלטה לזמן את משה טלנסקי לעדות מוקדמת ולהגיש את כתב האישום נגד אולמרט. למרות זאת, את רוב הביקורת על הפרקליטות לאחר זיכויו החלקי של אולמרט, ספג פרקליט המדינה משה לדור, בעוד מזוז נותר נקי.

דודי אפל תיכנן, בשנים 2001-1998, להקים פרויקט נופש ותיירות ענק על האי פאטרוקלוס שביוון, והעסיק את גלעד שרון - בנו של אריאל שרון (אז - שר החוץ ושר התשתיות הלאומיות ואחר כך ראש האופוזיציה), כיועץ מיוחד תמורת 640,000 דולר. החשד העיקרי היה, שהעסקת גלעד הייתה למעשה מתן שוחד לאביו כדי שיסייע לאפל בנושאים שונים, ובראשם - בפרשת הקרקעות בגינתון ובאיזורים נוספים סמוך ללוד. על-פי החשדות, גייס אפל את אריאל שרון כדי שיסייע לו גם מול שלטונות יוון, וכן הסתייע באהוד אולמרט (אז ראש עיריית ירושלים). בסופו של דבר, הפרויקט לא יצא אל הפועל עקב קשיים בהם נתקל אפל ביוון.