באוגוסט 2005 הוגש נגד עמרי שרון כתב אישום באשמת רישום כוזב במסמכי תאגיד, עדות שקר והפרת חוק מימון מפלגות. האשמות אלו התייחסו לתקופה שבה כיהן כמנהל מסע הבחירות של אביו בליכוד. בנובמבר 2005 הודה והורשע במסגרת עסקת טיעון ונדון לתשעה חודשי מאסר ולקנס של 300,000 שקל; ביהמ"ש המחוזי הפחית את העונש לשבעה חודשי מאסר.

בשנת 2003 חקרה המשטרה חשד לפיו אריאל שרון קיבל הלוואה מאיש העסקים האוסטרי מרטין שלאף - במסווה של הלוואה מסיריל קרן - לכיסוי חובותיו מהפריימריז בליכוד. במסגרת זו הועברו 1.5 מיליון דולר לחשבונותיהם של עמרי וגלעד שרון.