בשנת 2004 פרסם מבקר המדינה דוח חמור על המינויים הפוליטיים שביצע הנגבי בהיותו השר לאיכות הסביבה, ובעקבותיו נפתחה חקירת משטרה שהביאה להתפטרותו מתפקיד השר לביטחון הפנים. כתב האישום נגדו הוגש בשנת 2006, ובשנת 2010 זוכה הנגבי בידי בית משפט השלום בירושלים מאשמות שוחד בחירות, מרמה והפרת אמונים, וניסיון להשפיע על בעל זכות הצבעה; הוא הורשע במתן עדות שקר בפני מבקר המדינה. הנגבי נדון למאסר על תנאי ונקבע שבמעשיו היה קלון, ובעקבות זאת התפטר מהכנסת. בשל שביתת הפרקליטים בסוף 2010 לא הגישה המדינה ערעור על זיכויו.

בעת שכיהן כשר המשפטים היה צבי הנגבי מעורב בפרשת בר-און חברון, בה נטען כי הטעה את הממשלה ואת ראש הממשלה, בנימין נתניהו, בקשר לעמדתו של נשיא ביהמ"ש העליון, אהרן ברק, באשר למינויו של רוני בר-און ליועץ המשפטי לממשלה. היועץ המשפטי לממשלה, אליקים רובינשטיין, החליט שלא להגיש כנגדו כתב אישום בעניין זה.