בפברואר 2005 נחקר הרב
יונה מצגר באזהרה בדבר חדר מלון שקיבל בתעריף מוזל. בסיום החקירה המליצה המשטרה להעמידו לדין בעבירות מירמה והפרת אמונים. בעקבות זאת הודיע הרב מצגר, כי הוא משעה עצמו זמנית מבית הדין הרבני הגדול ומהוועדה לבחירת דיינים. באפריל 2006 הודיע
מני מזוז, היועץ המשפטי לממשלה, כי לא ייפתח תיק פלילי נגד הרב מצגר, אך ביקר בחריפות את מעשיו, קבע ששיקר בחקירותיו במשטרה והודיע שעליו להתפטר מרצונו או שימליץ על הליכי הדחה מיידיים נגדו.
