אריה דרעי הורשע בשנת 1996 בקבלת שוחד, מירמה והפרת אמונים וקבלת דבר במירמה בנסיבות מחמירות, ונדון בבית המשפט המחוזי בירושלים לארבע שנות מאסר. דובר בעיקר על 150,000 דולר שקיבל מאנשי ישיבת "לב בנים", תמורת העברת תקציבים ממשלתיים במאות אלפי שקלים. בשנת 2000 דחה בית המשפט העליון את רוב ערעורו של דרעי על הרשעתו, אך הפחית את עונשו לשלוש שנות מאסר בפועל. ציבור תומכי דרעי וש"ס טען שמדובר ברדיפה ועלילה, בבחירות שהתקיימו לאחר פסק הדין במחוזי זכתה ש"ס בראשותו ל-17 מנדטים ועם כניסתו לכלא התקיימו הפגנות תמיכה גדולות.

אריה דרעי הואשם, במה שכונה "התיק הציבורי", בהעברת כספים בלתי תקינה ממשרד הפנים למוסדות שהקימה ש"ס. הוא טען, כי מדובר היה באפליה מתקנת. בתיק זה זוכה דרעי בשנת 2003 מארבעה מתוך חמשת האישומים והורשע בהפרת אמונים בגין העברת כספים לעמותה בראשות אחיו. דרעי נדון לשלושה חודשי מאסר על תנאי ולקנס של 10,000 שקל.

אריה דרעי היה היחיד מבין המעורבים בפרשת בר-און-חברון אותו התכוונו להעמיד לדין היועץ המשפטי לממשלה דאז, אליקים רובינשטיין, ופרקליטת המדינה דאז, עדנה ארבל. זאת, לנוכח ממצאי החקירה לפיהם בחש במינויו של רוני בר-און ליועץ המשפטי בינואר 1997, במטרה להבטיח לעצמו הקלות בעבירות שיוחסו לו או חנינה כללית ביום העצמאות ה-50. לבסוף לא הועמד דרעי לדין, לאחר שהמדינה הודיעה שאין בכך עניין בעקבות הרשעתו בתיק השוחד.