ביולי 2005 פיקד ניסו שחם על כוחות המשטרה באירועי כפר מימון נגד ההינתקות. בתדרוך שנתן למפקד מג"ב דרום, רוני אוחנה, אמר שחם בין היתר על המפגינים: "אני רוצה מעצרים... חרא עליהם, שיישרפו, אל תעשה חשבון... תפעיל אלות ותתם להם מכות בפלג גוף תחתון... אני לא איזה זונה שפותחת את הרגליים שמחכה שיבואו אלי ככה". לאחר פרסום הדברים התנצל שחם, ננזף ונקנס בשישה ימי משכורת. בג"ץ דחה עתירות נגד קידומו על-רקע דברים אלו.

ביולי 2012 יצא ניסו שחם לחופשה כפויה לאחר שנחקר באזהרה בחשד לעבירות מין כלפי שוטרות שבפיקודו: בעילה אסורה בהסכמה, הטרדה מינית ומעשים מגונים. החקירה מתנהלת בידי המחלקה לחקירות שוטרים (מח"ש) במשרד המשפטים.