אביגדור קלנר נחשד בשנות ה-90 בתשלום שוחד לעודד טל, שהיה ממלא-מקום מנהל מחוז המרכז במינהל מקרקעי ישראל. טל הורשע בקבלת השוחד מקלנר (וגם מדודי אפל), אך קלנר רק היה עד תביעה בתיק ולא הועמד לדין.

אביגדור קלנר היה בשנים 2007-1996 יו"ר ומנכ"ל פולאר השקעות, יו"ר פולאר נדל"ן ויו"ר קלדש בנייה. קבוצת פולאר נכנסה ב-2003 לשותפות בפרויקט הולילנד באמצעות חברת הולילנד פארק (בה היא מחזיקה ב-60%), ולטענת המדינה מאותו מועד היא שילמה דרך ש"ד שוחד בסך 3.3 מיליון שקל לבכירים בעיריית ירושלים תמורת הטבות והקלות בפרויקט. המדינה מאשימה את קלנר שהדברים נעשו באישורו, ואילו הוא כופר באשמה.

פולאר השקעות היא הבעלים של 50% מחברת חוות הזרע, ואביגדור קלנר היה בשנים 2007-1996 היו"ר והמנכ"ל של פולאר ויו"ר עמית של הזרע. לטענת המדינה, קלנר העביר באמצעות ש"ד שוחד בסך 1.4 מיליון שקל לאהוד אולמרט (שר התמ"ת והממונה על המינהל) ויעקב אפרתי (מנכ"ל המינהל) בתמורה להקלות בתחומי ההפשרה וההשבחה בחוות שונות (חוות שלם שהיא חלק מפארק איילון, חוות מבחור וחוות יבור) השייכות לחברת הזרע. קלנר מכחיש את ההאשמות.

המדינה מאשימה את אהוד אולמרט בקבלת שוחד בסך 476,000 שקל, כאשר כיהן כשר התמ"ת וכממונה על מינהל מקרקעי ישראל. לטענת המדינה, השוחד ניתן בידי בעלת חברת הזרע - פולאר השקעות בראשות אביגדור קלנר ואמנון ספרן - בתמורה לסיועו של אולמרט בשינוי ייעוד קרקעות שונות שהיו בבעלות החברה ומתן היתרים לבנייה עליהן.