רוני בר-און מונה ליועץ המשפטי לממשלה ב-10.2.97 והתפטר כעבור יומיים. לאחר שבועיים חשפה העיתונאית איילה חסון, כי מינויו היה פרי עסקה בין בנימין נתניהו, אז ראש הממשלה, לבין יו"ר ש"ס דאז, אריה דרעי, ולפיה תתמוך ש"ס בהסכם עם הפלשתינים בחברון תמורת מינויו של בר-און, שאמור היה להקל על דרעי בענייניו הפליליים. המשטרה המליצה להעמיד לדין את אביגדור ליברמן, שהיה מנכ"ל משרד ראש הממשלה, אך היועץ המשפטי אליקים רובינשטיין ופרקליטת המדינה עדנה ארבל דחו את ההמלצה בנימוק של חוסר ראיות.

באפריל 2011 הודיע היועץ המשפטי לממשלה, יהודה וינשטיין, לאביגדור ליברמן, כי הוא שוקל להעמידו לדין בעבירות של מירמה והפרת אמונים, קבלת דבר במירמה בנסיבות מחמירות, הלבנת הון והטרדת עד. ההודעה באה לאחר חקירה בת עשר שנים בנוגע לעסקיו של ליברמן ולקשריו עם אילי הון זרים. החשד הוא, כי כספים אלו הועברו באמצעות חברות שהקימו ליברמן ובתו מיכל, ואשר פעלו במקביל לכהונתו בתפקידים ציבוריים ובהם שר התשתיות ושר התחבורה. ליברמן מכחיש את החשדות ואומר שמדובר בפעילות עסקית לגיטימית.

בסוף 1999 הוגש כתב אישום נגד אביגדור ליברמן באשמת תקיפה, תקיפת קטין ואיומים. התקיפה אירעה לאחר שילדים תקפו את בנו של ליברמן, וזה הזעיק את אביו לעזרה. לאחר התקיפה איים ליברמן על הילד כי יכה אותו שוב, אם יחזור ליישוב נוקדים בו מתגוררים הצדדים. בספטמבר 2001 הורשע ליברמן, במסגרת עסקת טיעון, בתקיפת קטין ובאיומים, והוטל עליו לשלם 10,000 שקל פיצוי לילד ועוד 7,500 שקל קנס.

זאב בן-אריה, שהיה שגריר ישראל בבלארוס, קיבל בפברואר 2008 בקשה של רשויות האכיפה בישראל לסיוע של רשויות המשפט בבלארוס בחקירת פרשת ליברמן. באוקטובר של אותה שנה ביקר אביגדור ליברמן בבלארוס ובן-אריה סיפר לו על הבקשה ופרטיה, וחלק מן הפרטים אף מסר לו בכתב. זאת, למרות שידע שמדובר במידע סודי ורגיש. על-פי עסקת טיעון איתו, בן-אריה הודה בעבירות של גילוי בהפרת חובה ושיבוש מהלכי משפט ונדון לעבודות שירות. המשטרה המליצה להעמיד לדין גם את ליברמן בפרשה זו.

אביגדור ליברמן דרש מספר פעמים לחקור הדלפות מהחקירות בעניינו, אשר הובילו לפרסומים ב-News1. המשטרה והפרקליטות טענו שלא הצליחו לאתר את המדליפים, גם לאחר שבג"ץ הורה להם לעשות מאמץ נוסף בכיוון זה. לטענת המדינה, איתור המדליפים אינו אפשרי משום שלא ניתן לחייב את יואב יצחק לחשוף את מקורותיו, ומספר הנחשפים למידע היה גדול מכדי שניתן יהיה להגיע לממצאים.