בדומה לפרקליטות מחוז ת"א, בה קיימת מזה שנים רבות הפרדה בין הפרקליטות הפלילית והאזרחית, מיישם גם מחוז ירושלים של הפרקליטות את מגמת ההפרדה בין התחומים וזאת עקב מגמת הפרדת התחומים המיושמת בידי פרקליט המדינה, ערן שנדר.
היום (ג', 29.8.06) מתבצע הליך פיצולה של פרקליטות מחוז ירושלים לפרקליטות מחוז אזרחית ופרקליטות מחוז פלילית, כאשר פרקליטות מחוז ירושלים האזרחית נכנסת למשכנה החדש, ומתחילה לפעול ממנו.
בראש הפרקליטות האזרחית בבירה תעמוד עו"ד אורית סון (במינוי בפועל), אשר ניהלה בחמש שנים האחרונות את המחלקה האזרחית בפרקליטות המדינה. הפרקליטות האזרחית מונה כ- 40 פרקליטים המתמחים בתחום האזרחי והמנהלי, וצוות של עובדי מנהלה ומתמחים.
מספר הפרקליטים בפרקליטות האזרחית זהה למספרם של אלה אשר בפרקליטות הפלילית, אשר בראשה עומד עו"ד אלי אברבנאל. משכנה החדש של הפרקליטות האזרחית הוא בבניין מע"צ לשעבר, הממוקם בסמוך לגבעת התחמושת.
הרפורמה של פיצול פרקליטויות המחוז מתבצעת במסגרת השינויים המבניים הנערכים בפרקליטות, שאותם מוביל פרקליט המדינה, ערן שנדר, ביחד עם הנהלת המשרד.
במסגרת זו, הוחלט כי יש מקום לפצל את פרקליטויות המחוז לשני תחומים - אזרחי ופלילי - ולמנות פרקליטי מחוז נפרדים. פורמט זה מופעל בהצלחה מזה שנים רבות במחוז תל אביב, שם קיימות שתי פרקליטויות נפרדות - אזרחית ופלילית. לפני מספר חודשים בוצע גם פיצולן של פרקליטות מחוז חיפה ופרקליטות מחוז הדרום.
בפרקליטת מקוים, כי מהלך זה יאפשר התמודדות יעילה יותר עם הגידול ההולך וגובר במספר התיקים האזרחיים והמנהליים, והגידול במספר הפרקליטים הנדרשים לעסוק אך ורק בתחום האזרחי והמנהלי. כמו כן, משקף המהלך את ההכרה, כי התחום האזרחי דורש התמחות מיוחדת ושונה במהותה מן התחום הפלילי.
