בעת כהונתו של אהוד אולמרט כשר התעשיה, המסחר והמדע, הוא לא פסל עצמו מלשבת בדיונים משותפים בין משרד התמ"ת ובין עורך הדין אורי מסר והיזמים שייצג. זאת אף על-פי שעו"ד מסר, מידידיו הקרובים של אולמרט, משמש עורך דינו הפרטי של אולמרט - בפרשת רכישת דירת הגן בכרמיה 8 בירושלים שנחשפה על-ידי Nfc - ואף ניהל עבורו בהתנדבות את עמותת הבחירות לראשות עיריית ירושלים. בדיונים אלו הוענקו הטבות של מיליוני שקלים ללקוחותיו של מסר. כך חושפים העיתונאים גידי וייץ ואורי בלאו, בתחקיר שפרסמו במוסף עיתון הארץ.
ב- 2003, למשל, ביקש היזם אפרים (פימה) פיינבלום כי יכירו במפעל שתיכנן להקים בדימונה כמפעל מאושר. אחרי שהדרג המקצועי במשרד - מנהל מינהל כימיה ואיכות הסביבה ומנהל מרכז ההשקעות - נמנע מלאשר את הבקשה ולתת ליזם מענק של 15 מיליון דולר מכספי המדינה, שכר פיינבלום את שירותיו של עו"ד מסר. לשאלת הארץ אמר כי: "הוא עושה עבודה בשבילי. לזרז ישיבה. לבוא אתי לישיבה".
הישיבה אכן התקיימה במשרדו של אולמרט ביולי 2003. בניגוד לחוות הדעת המקצועית, הנחה אולמרט את אנשי משרדו לזרז את הטיפול בבקשה, ואף הצהיר בכנסת שהוא "נאבק" למען הקמת המפעל. על-פי החלטתו, משרד התמ"ת אף השתתף במימון 75% מפיתוח הקרקע.
חשוב להדגיש, כי באותם ימים ממש המשיך עו"ד מסר לטפל בהתנדבות בניהול עמותת הבחירות של אולמרט, עמותה שלא פורקה מאז הבחירות ב- 1989 לראשות עיריית ירושלים.
בידיים של אולמרט במקרה אחר, חברת "שמן", גם היא לקוחה של עו"ד מסר, התנגדה להפחתת היטל היבוא על שמנים מחו"ל. אחרי שהדרג המקצועי של משרד התמ"ת החליט על הפחתת ההיטל מ- 4.5% ל- 3%, כינס אולמרט ישיבה מיוחדת בלשכתו. בישיבה נכח גם עו"ד מסר כנציג המפעל. בעקבות הישיבה שינה אולמרט את ההחלטה והעלה את ההיטל ל- 4%. בועז צפריר, מנכ"ל שמן, אמר: "אולמרט לקח את הדברים לידיים... והצלחנו להשאיר פחות או יותר את המצב הקיים".
עוד דוגמא לניגוד עניינים נוגעת לחברת ההיי-טק 'אסיקום'. החברה שילמה לעו"ד מסר מקדמה של 80 אלף שקל כדי לעקוף החלטה של מנהל מרכז ההשקעות באותה עת, שמואל מרדכי. בכיר באסיקום אמר: "בפגישה ציינו ששמואל מרדכי לא אהב את האישור שניתן לנו... ועשה כל שביכולתו כדי לרוקן אותו מתוכן. ההתבטאות של מסר היתה ש'זה יבוא מלמעלה'. כמה אנשים יש כבר מעל מנהל מרכז ההשקעות?".
הבכיר ציין כי בסופו של דבר החברה התגברה על הדברים בכוחות עצמה ועל כן לא נעזרה עוד בשירותיו של עו"ד מסר ולא העבירה לו עוד כספים מעבר למקדמה. עו"ד מסר עצמו טוען: "לא היה ולא נברא. מנהלי חברת אסיקום נמצאים עמי בסכסוך כספי וטענותיהם מגמתיות ומחוסרות כל בסיס".
בכל המקרים המוזכרים בכתבה הובטח לעו"ד מסר בונוס כספי על הצלחת מהלכי השתדלנות במשרד התמ"ת. בכל המקרים הללו לא דיווח השר אולמרט למבקר המדינה או ליועץ המשפטי לממשלה על ניגוד העניינים האפשרי, כנדרש על-פי כללי ועדת אשר למניעת ניגודי עניינים של שרים וסגני שרים, ולא פסל עצמו מלדון בבקשות.
הן עו"ד מסר והן ראש הממשלה אולמרט אישרו את מרבית העובדות בתחקיר, כולל את המפגשים המשותפים במשרד התמ"ת, אך לא התייחסו כלל לשאלת ניגוד העניינים. מסר הגיב, כי "לא זכור לי שביקשתי מאנשי לשכתו של מר אולמרט לקדם פרויקטים הקשורים אליי". מלשכת אולמרט נמסר, כי "אנשי לשכתו של ראש הממשלה לא טיפלו או לחצו בתיקים שייצג מסר. לא ידוע לנו על שום עניין אותו קידם מסר במשרד התמ"ת".