איגוד מגדלי הפרחים מאשים את מועצת הצמחים בשחיתות. מהאיגוד נמסר, כי המועצה העניקה אשראי בסך 20 מיליון ש"ח למגדלי הפרחים, המייצאים דרך אגרקסקו ולא דרך חברות אחרות. באיגוד מאשימים את מועצת הצמחים באפליה לרעה של מגדלי הפרחים, המייצאים דרך חברות עצמאיות ולא דרך אגרסקו, וטוענים כי החלטה זו באה במטרה ברורה להטיב עם מגדלי אגרקסקו, כך שרק הם ייהנו מתנאי האשראי.
עוד טוען האיגוד, כי נקיטת צעד חד-צדדי זה על-ידי מועצת הצדדים הינו המשכה של אפליה מתמשכת, כאשר המועצה, האמורה לייצג את כלל מגדלי הפרחים בישראל, מטה את הכף לטובת אגרקסקו, שהינה חברה ממשלתית. בנוסף, נמסר מהאיגוד, כי במועצה חברים כלל המגדלים, אשר משלמים לה היטלים שנתיים, ולמרות זאת ממשיכה להתקיים האפליה בחסות משרד החקלאות והגופים הממשלתיים השונים.
אברהם דניאל, מזכיר איגוד מגדלי הפרחים, החבר באיגוד לשכות המסחר, אומר כי האיגוד מתריע זה זמן רב על שחיתות במועצת הצמחים, המסיטה את הכף לטובת מגדלים מסוימים ולטובת חברות שהמועצה רוצה ביקרם. לאור כל זאת, מבקש דניאל מיו"ר מועצת הצמחים, מרדכי כהן-קדמון, לעצור את הליך העברת הכספים למגדלים מהוועדות השונות, לחשוף את הדוחות הכספיים של המועצה, ולהסביר את התנהלותה הכספית בחמש השנים האחרונות.