רשות העתיקות החלה בכיסוי פסיפס מגידו עקב מצוקה תקציבית. הרשות מימנה במשך תקופה ארוכה את הפעילות הארכיאולוגית והשימורית באתר, אולם לא יכולה עוד לשאת בנטל.
גורמים ברשות מציינים כי עד היום הגורמים הרלוונטיים לא היקצו את המשאבים הנדרשים לשם הכשרת האתר ופיתוחו כאתר תיירות עולמי ובשל כך היא נאלצת לכסות את השרידים הקדומים.
פעולת הכיסוי נובעת מהחלטה שימורית והיא נועדה למנוע סכנה מיידית לפסיפס החשוף מפני פגעי הטבע והאדם. ברשות העתיקות מדגישים כי החלטת הרשות הפיכה והיה וימצא התקציב הנדרש להמשך הפיתוח, תוכל הרשות לבצע את הפעילות באתר בהתאם לתוכניות ולרווחת המבקרים במקום.
האתר במגידו נחשף בחפירות הצלה ממושכות, שערכה רשות העתיקות לבקשת שירות בתי-הסוהר וצה"ל. בחפירה השתתפו - כחלק מפרויקט שיקום אסירים - כמאה אסירים יהודים, מוסלמים, נוצרים ודרוזים, המרצים את עונשם בכלא מגידו וכלא צלמון.
הפסיפס - ממצא נדיר ותורם להבנת הנצרות במקום נחשף פסיפס בעל דגמים גיאומטריים, מדליון עם דגים ושלוש כתובות ביוונית עתיקה: כתובת המזכירה קצין בצבא הרומי שתרם לבניית הפסיפס (נראית בשולי הגליונית); כתובת המנציחה את זכרן של ארבע גברות, וכתובת המזכירה גברת שהקדישה שולחן (מזבח) לאל ישוע כריסטוס כזיכרון. הדגים המעטרים את רצפת הפסיפס שימשו סמל נוצרי קדום, וידוע כי הנוצרים ייחסו למילה דג (ביוונית) את צירוף המילים "ישוע כריסטוס בן האלוהים, מושיע".
שילוב שלוש הכתובות בפסיפס מהמאה השלישית, הקושר בין קצין בצבא הרומי לנצרות באולם תפילה, הוא ממצא ייחודי ונדיר. זמנו קדום להכרתה של הנצרות כדת מוכרת ורשמית, ולכן הוא חשוב מאוד להבנת הנצרות בתקופה זו, לחקר הצבא הרומי במזרח האימפריה, ולסוגיות הקשורות לנוכחות קהילה נוצרית לצד יישוב יהודי-שומרוני מעורב.
חשיפת הפיספס עוררה התעניינת תקשורתית רבה בארץ ובעולם כולו. רשות העתיקות אף ערכה סיור לעיתונאים מכל העולם באתר, ולאחר מכן נסגר האתר לכלי התקשורת עד לסיום החפירות.
כעת ישארו הממצאים החשובים מכוסים מתחת לשכבה העפר עד שימצא מחדש התקציב לחשיפת האתר הארכיאולוגי כולו.