בעוד בישראל נחלקים פרשנים ופוליטיקאים בשאלה אם הסכמת תנועת החמאס לנוסח מסמך האסירים מבטאת הכרה ביוזמה הערבית ומכאן גם בישראל, באים עתה בכירי החמאס ומבהירים את עמדתם החד-משמעית בעניין זה. העיתון "אל-חיאת" מוסר (21.9.06), כי ראש ממשלת החמאס, איסמאעיל הניה, הודה, כי יוזמת השלום הערבית שאושרה בפסגת ביירות (מרס 2002) היא יסוד המחלוקת במו"מ על הקמת ממשלת האחדות הלאומית עם ה'פתח'.
הניה עדכן אמש את נציגי הפלגים הפלשתינים, כי החמאס מתנגדת לאזכור "היוזמה הערבית" בקווי היסוד המדיניים של ממשלת האחדות הלאומית, ומצדדת בנוסח מעורפל לפיו "הלגיטימיות הערבית" תשמש בסיס לפעילות המדינית ל"מימוש היעדים הלאומיים", כפי שמופיע במסמך ההסכמה הלאומית.
וליד עווד, חבר הוועדה המרכזית של מפלגת העם, אמר כי לדברי הניה, החמאס מסתייגת משלוש נקודות במצע המדיני ואחת מהן קשורה ליוזמת השלום הערבית, שכן היא מבטאת הכרה ברורה בישראל. לדבריו, זו נקודת המחלוקת העיקרית בין החמאס לאבו מאזן אשר הביאה לדחיית הקמתה של ממשלת האחדות הלאומית קודם לנסיעתו של אבו מאזן לדיוני העצרת הכללית של האו"ם בניו-יורק. ההסתייגויות האחרות של הנהגת החמאס נוגעות לאי אזכור המילה "התנגדות" בקווי היסוד ודרישת החמאס להקמת ועדת מו"מ בה יהיו חברים כל הגורמים הפוליטיים (במקום הנוסח הנוכחי הקובע, כי אש"ף יהיה אחראי על ניהול המו"מ).
