מרכז מפלגת העבודה החליט, ברוב קולות, להישאר בממשלה, על אף צירופו של ליברמן לקואליציה. בכך אישר המרכז את הצעתו של יושב-ראש המפלגה, עמיר פרץ.
המרכז התכנס (יום א', 29.10.06) להכריע בשאלת ההישארות בממשלה עם צירופה של ישראל ביתנו לקואליציה. מזכ"ל מפלגת העבודה, איתן כבל, החליט כי ההצבעה שתתקיים תהיה הצבעה גלויה, זאת בניגוד לדרישת מתנגדי צירופו של ליברמן לממשלה במפלגה, ובהם חברי המשמרת הצעירה של המפלגה - שדרשו לקיים הצבעה חשאית.
פרץ נשא נאום תקיף, והציב קווים אדומים בפני ליברמן. "לליברמן לא תהיה דריסת רגל במשרד הביטחון ולא ניתן לו לגרור את מדינת ישראל למלחמות ראווה שיסכנו את חיילינו", אמר פרץ. "מדיניות פינוי המאחזים הבלתי חוקיים תימשך", אמר. "גם בלא הסכמה היא תבוצע. נפעל מתוך תבונה ואחריות לאומית. לא יהיה שינוי במדיניות ההומניטרית כלפי הפלשתינים. לא ניתן יד לחקיקת חוק למשטר נשיאותי. לא ניתן שיהפכו את הטיפול באיום האירני לנושא פוליטי. זו שאלה קיומית ולא שאלה ליברמנית".
פרץ הוסיף: "סיכמתי עם ראש הממשלה כי תוך זמן קצר מאד יאויש תיק הרווחה. ואם אגודת ישראל לא תיכנס לקואליציה, תיק הרווחה יועבר למפלגת העבודה תמורת תיק אחר שנחזיר"
ראש המתנגדים לכניסתו של ליברמן לממשלה, שר הפנים אופיר פינס, אמר כי ההצבעה היא מהחשובות והגורליות בתולדות מפלגת העבודה. "אני יציר כפיה של מפלגת העבודה. היא הבית שלי, אבל הבית הזה נקבר לי מול העיניים. זה קורה בגלל חוסר אמינות, בגלל קומבינות ובגלל זיגזגים. לצערי עשינו הרבה מאד טעויות בחודשים האחרונים. זה התחיל בספין על הממשלה הימנית, בהסכם הקואליציוני הגרוע, בלקיחת תיק הביטחון. אני מתריע הערב בפני טעות שעלולה להיות אחת יותר מדי. למה התכוונו כשאמרנו שאנחנו רוצים להיות בממשלה אבל לא בכל מחיר אם לא לרגע הזה ממש? טעינו כשראש הממשלה העלה את רעיון העיוועים לצרף את ליברמן בכך שלא דפקנו על השולחן ואמרנו – עד כאן". לחברי המרכז פנה פינס ואמר: "אם תגידו הערב לליברמן תישאר בחוץ, מפלגת העבודה תישאר מאוחדת ובתוך הקואליציה".
ח"כ שלי יחימוביץ' אמרה בכינוס, כי "הספין כאילו ההצבעות של חברי הכנסת שלנו הן שהביאו את ליברמן הן שקר של ראש הממשלה. אולמרט במצוקה גם בגלל החקירות הפליליות. במקום לומר לו - לך תעשה אצלך סדר בבית, אנחנו לוקחים עלינו את האחריות. נכון, עשינו לו את המוות בתקציב 2006 בוועדת הכספים, אבל לשם כך נשלחנו לשם. אם צריך להרחיב את הקואליציה - למה ליברמן? למה לא מרצ ויהדות התורה?".
לבסוף פנתה יחימוביץ' אל עמיר פרץ ואמרה לו "עמיר, אתה יודע כמה אתה יקר אל ליבי. השקפותינו דומות. אני לא קוראת עליך תיגר. אני יודע כמה קשה לך לקבל את ההחלטה. אבל הישיבה בממשלה היא לא מטרה, אלא כלי לממש את השקפת עולמנו, ואסור שנוותר עליה".
שרת החינוך, יולי תמיר, אמרה כי זה שליברמן נכנס לממשלה זה לא אומר שהסתיים המאבק. "אנחנו צריכים להביא למצב שישאלו את ליברמן איך זה שהוא יושב בממשלה שמפרקת מאחזים ולא שישאלו אותנו איך אנחנו יושבים על ליברמן. המאבק מתחיל היום. השרים שלנו לא מספיק טובים? שמחון לא יודע לטפל בחקלאים? הרצוג לא יודע לטפל בתיירות? עמיר פרץ לא יודע לפרק מאחזים?"
לובה אליאב, מוותיקי מפלגת העבודה, אמר כי אם שרי המפלגה ישארו בממשלה הם יסורסו. "אני קורא לחברי המפלגה להצביע בעד יציאה מהממשלה. אני קורא לעמיר פרץ לעמוד בראש האופוזיציה".
מרכז המפלגה התבקש על-ידי פרץלאשר הישארות מפלגת העבודה בקואליציה גם לאחר צירופו של ליברמן. לעמדת היו"ר הצטרפו כמעט כל שרי מפלגת העבודה, וכן יו"ר הסיעה אפרים סנה וח"כ מתן וילנאי. מרבית חברי הכנסת שאינם מכהנים כשרים התנגדו.
ההחלטה שביקשו התנגדים להעביר היא להביא לפרישתה של מפלגת העבודה עם צירופו של ליברמן לממשלה. לעמדה זו שותפים השר אופיר פינס וחברי הכנסת שלי יחימוביץ, יורם מרציאנו, נדיה חילו, ראלב מג'אדלה, דני יתום, עמי איילון ואבישי ברוורמן.
השר אופיר פינס רמז, כי ייתכן ויתפטר מהממשלה אם לא תתקבל עמדתו. קודם לכן איימו חברי המשמרת הצעירה של מפלגת העבודה לפוצץ את הדיון במידה ולא תתקיים הצבעה חשאית. לטענתם, מרגע שהציגו חתימותיהם של 10 אחוזים מכלל חברי המרכז הדרושים לקיום הצבעה חשאית, יש לקיים את ההצבעה באופן הזה. אולם כאמור הכריע המזכ"ל איתן כבל לקיים הצבעה גלויה, ובסופה החליט המרכז, ברוב גדול: לקבל את הצעת פרץ ולהישאר בממשלה.
