תחקיר אירוע הפגיעה בספינת הטילים אח"י חנית מעלה כי נמצאו ליקויים מבצעיים. מהתחקיר, אשר הוצג לרמטכ"ל רא"ל דן חלוץ, עולה כי נמצאו ליקויים באופן שבו הבינו הכוחות את המציאות המבצעית. הדבר השפיע על טיב התפקוד המבצעי באירוע, שהיה, לפי התחקיר, לקוי.
ממצאי צוות התחקור, בראשות תא"ל (במיל.) ניר מאור, לבחינת אירוע הפגיעה בסטי"ל בתאריך 14.7.06, שבו נהרגו ארבעה חיילי צה"ל, הוצגו לרמטכ"ל ביום א' (5.11.06). מצה"ל נמסר כי "הרמטכ"ל ציין שהתחקיר היה יסודי ואיכותי, ואימץ את כל ההמלצות המבצעיות העולות ממנו והורה ליישמן".
ביקורת נוספת היא על ההיבט המודיעיני: בכל הנוגע לתמונת המודיעין לפני האירוע, מצא התחקיר כי למודיעין לא היה מידע מדויק על אודות כלי הנשק שבידי החיזבאללה, אך למרות זאת היו חלקי מידע שהתקבלו בחיל הים בעבר, "שיכלו להוביל להנחה מבצעית שלפיה ייתכן שיש לאויב חימוש חוף ים". התחקיר ממשיך וקובע כי "ראוי היה לפעול מבצעית באופן שיקדם את פני האיום".
מצה"ל נמסר גם כי לאור התחקיר, הנחה הרמטכ"ל את חיל הים להעלות את רף התפקוד המבצעי מהמפקדים, לצד שימור רמת התפעול המקצועית של כלי השיט. עוד נמסר כי "הרמטכ"ל גם הנחה את מפקדי צה"ל לפעול על סמך הנחות מבצעיות מחמירות כל אימת שאין מודיעין מדויק בנוגע לאויב. הרמטכ"ל הנחה את חיל הים להיערך לכל קשת האיומים האפשריים".
בתאריך 14.7.06 פגע טיל חיזבאללה מסוג C-802 מתוצרת אירנית באח"י חנית אשר היתה מוצבת כ- 16 קילומטר מחופי בירות. הטיל פגע בירכתי הספינה, גרם לנזק ולשריפה גדולה. מהפגיעה ומהאש שפרצה במקום נפגעו החיילים והם הוכרזו נעדרים. למחרת זוהו שאר גופות הנפגעים.
