יושב-ראש מועצת יש"ע, בנצי ליברמן, פורש מתפקידו. במכתב אותו שלח (יום ב', 13.11.06) לחבריו במועצה הסביר כי החליט לעשות זאת "בגלל עייפות". ליברמן משמש בתפקיד יו"ר מועצת יש"ע בחמש השנים האחרונות.
"עייפתי בתום תקופה הרת תהפוכות, התקופה הקשה ביותר בחיי ההתיישבות ביש"ע: מלחמת אוסלו המכונה האינתיפאדה השנייה, וגירוש היהודים מצפון השומרון וגוש קטיף", כותב ליברמן במכתב הפרישה.
ליברמן מציין כי עם עזיבתו יש להכניס כמה שינויים מהותיים במועצת יש"ע. לדבריו, השינויים צריכים להיות גם בהקשר הפרסונאלי, וגם במבנה הארגון. "על-מנת להיות רלוונטיים, אנו נדרשים לבצע מספר שינויים הכרחיים במבנה מועצת יש"ע", כותב ליברמן, "בהרחבת הנהגתה על-ידי שיתוף גורמים נוספים וחשובים הקיימים במרחבי יהודה ושומרון, וביוזמה אסטרטגית חדשה המנצלת את חלון ההזדמנויות שנפתח בעקבות מלחמת לבנון השנייה. לצערי, אין אנו עוסקים די בתחומים אלה".
לאחרונה מקיימים ראשי מועצת יש"ע דיונים בנוגע למבנה הארגון ומטרותיו. כיום חברים במועצת יש"ע מלבד ליברמן המשמש גם כראש המועצה האזורית שומרון, גם פנחס ולרשטיין ראש המועצה האזורית מטה בנימין, זאב חבר (זמביש), מזכ"ל תנועת ההתיישבות של מועצת יש"ע 'אמנה', יהודה כהן, ראש מועצת אלקנה, הרצל בן ארי, ראש מועצת קרני שומרון, וישעיהו אנרייך, ראש מועצת עמנואל. אנרייך, שרק לאחרונה נכנס למועצת יש"ע, הינו החרדי הראשון החבר במועצה. כניסתו היא למעשה תוצאה של אחד הדיונים בהנהלת מועצת יש"ע, בו הוחלט על פנייה לציבור שלא היה עד כה חלק ממרכיבי המועצה, המגזר החרדי.
על שולחנם של ראשי מועצת יש"ע תוכניות נוספות להרחבת המועצה ולשינוי המבנה הארגוני שלה. לאחרונה נמתחה ביקורת על כך שהנהגת המתנחלים כוללת רק ראשי מועצות, ואינה כוללת אנשי ציבור נוספים, כמו רבנים, צעירים, אקדמאים ואנשי רוח.
עדיין לא ברור מי יחליף את ליברמן. שמו של צביקי בר חי עלה כמי שעשוי לקבל את התפקיד. בר חי הוא יושב-ראש המועצה האזורית דרום הר חברון, ובתקופת ההינתקות היה נחשב לקמב"ץ של פעילות המועצה נגד היציאה מעזה ומצפון השומרון. עדיין לא ברור האם פרישתו של ליברמן תשפיע, ואם כן, באיזה אופן, על הסכם המאחזים עליו דנים בימים אלה ראשי מועצת יש"ע עם ראשי משרד הביטחון.
