התעשיה האווירית הפרה באופן מתמשך את חובת הוצאת מכרז לבחירת קבלן הזנה. ההתקשרויות של התעשיה האווירית לקבלת שירותי הזנה נעשו שלא בעקבות מכרז. כך קובע מבקר המדינה בדוח שפרסם (יום ב', 4.12.06) על התנהלות מערכת הביטחון. הדוח מעלה כי התעשיה האווירית הוציאה כספים בסכומים גבוהים ללא פיקוח ולעיתים ללא הצדקה. לדברי הדוח, מדובר בליקוי חמור של מינהל לא תקין ופתח לתשלומי כספים בלתי מבוקרים ולכן הם מהווים פרצה שיש לסתום אותה.
בפרק על התעשיה האווירית מציין המבקר כי משרדו בדק בתעשיה האווירית בעיקר את ההתקשרות שלהם עם ספקים ונותני שירותים. נבדקה גם ההתקשרות עם קבלן לניקוי מטוסים בכנף תובלה של חיל האוויר. בנושא זה העלה הדוח כי התעשיה האווירית שילמה לחברה מסוימת עבור עבודות לניקוי מטוסים ללא בקרה מספקת. הדוח קובע כי התנהלות מסוג זה יוצרת חשש לתשלומים החורגים מהיקף העובדה שבוצעה ואינה מתיישבת עם דפוסי עבודת המינהל התקין.
מבקר המדינה בדק גם את תעשיה הצבאית והתמקד בעיקר בתהליך אישור הדוחות הכספיים לשנים 2003-2004 המהווה בדיקת מעקב לביקורת שנערכה על תהליך אישור הדוחות הכספיים לשנת 2000. מבקר המדינה ציין כי אין להתיר את אי ביצועו של החוק ואת הכשל שבו הצדדים לא הסדירו את הסוגיות כך שיתאפשר אישור הדוחות הכספיים של תע"ש לשנים 2003-2004. לדברי המבקר, מדובר ב"זילות" החוק באי פרסום הדוחות הכספיים לאורך שנים. הדוח מציין כי מתחייבת נקיטת צעדים נמרצים של רשות החברות הממשלתיות והשרים המופקדים לפתרון דחוף.
בחלקו האחרון של הדוח מובאת ביקורתו של המבקר בקריה למחקר גרעיני, שם בחן את ניהול משאבי האנוש. המבקר מצא כי לא נקבענו מדיניות ועקרונות לניהול משאבי האנוש בקריה בכל הקשור לעובדי ההסכם. הקריה העניקה הטבות כספיות ניכרות לעובדי ההסכם הפורשים לפנסיה ללא אישור הממונה על השכר ואפשרה לחלק מן העובדים להעדר מן העבודה לקראת פרישה לגמלאות במשך ימים, שבועות וחודשים. בנוסף, עשרות עובדים שובצו במשרות שאינן תואמות לתקן. עוד מעיר המבקר כי המבנה הארגוני הנוכחי של הקריה לא קיבל אישור של נציבות שירות המדינה.