מחזור הפעילות של המרכזים הרפואיים הסתכם לסך של 6.24 מיליארד שקלים בשנת 2005. ההכנסות ממתן שירותים רפואיים הסתכמו לסך של 5.84 מיליארד שקלים ומהווים כ-93.6% מסך מחזור הפעילות, תרומות כ-2.7%, מחקרים כ-2% והכנסות אחרות (חניון, השכרת מתקנים, תלושי מזון וכיו"ב) - 1.7%. כך עולה מדוח 2000-2005 שמפרסם משרד הבריאות (יום ד', 6.12.06).
מנתוני הדוח עולה, כי מחזור פעילות המרכזים הרפואיים גדל בין השנים 2000-2005 בשיעור של כ-10.2%, כאשר מרבית הגידול נובע מהפעילות בשנות הכספים 2004-2005.
על-פי נתוני משרד הבריאות, מרבית ההכנסות ברוטו ממתן שירותים רפואיים ב-2005, מקורן בקופות החולים (בשיעור של כ-82.2%), לאחר-מכן ניתן לראות הכנסות רבות מביטוח לאומי, בעיקר עקב לידות, ומגורמים נוספים, כגון: חברות ביטוח (בעיקר בגין תאונות דרכים), משרד הביטחון, צה"ל, משרד הבריאות (שירותי בריאות הנפש, רפואה מונעת, קידום בריאות ועוד), מוסדות שונים וחייבים פרטיים.
מניתוח הדוח עולה, כי בין השנים 2000-2005 חל גידול בשיעור של 18.1% בהיקפו הכספי של סל הבריאות, לעומת גידול בשיעור של 14.6% בלבד בהיקף הכנסותיהם ברוטו של המרכזים הרפואיים מקופות החולים באותה התקופה. עוד עולה, כי שיעור הגידול שנרשם בהכנסות המרכזים הרפואיים נטו, לאחר הנחות, נמוך יותר ועומד על 9.5%.
על-פי ממצאי הדוח, נרשם גידול של כ-16.5% בנתח ההכנסות מפעולות דיפרנציאליות ב-2005 ביחס לאשתקד, לרבות גידול בשיעור ההכנסות מלידות ופגים (7.2%). ממשרד הבריאות נמסר, כי גידול זה מתרחש במקביל לירידה מתונה בנתח ההכנסות מאשפוז.
הוצאות השימוש בחומרים כגון: חומרי הדמיה וצילום, חומרים לחדרי ניתוח וכו', הסתכמו ב-2005 לסך של 998 מיליון שקלים. עוד עולה, כי שיעור הוצאות שכר העבודה והנלוות ביחס להכנסות הבסיס בכלל המרכזים הרפואיים, ירד משמעותית בשנות 2005 (לכדי 69.5% ב-2005), וזאת לאחר עלייה שנרשמה ב-2003 שהביאה את המרכזים הרפואיים להפסד תפעולי כבד.
מנתוני הדוח עולה, כי ארבעת קופות החולים אינן עומדות בתנאי האשראי הנורמטיביים, וכולן משלמות בפיגור את חובן למרכזים הרפואיים, כאשר ממשרד הבריאות נמסר, הסיבה העיקרית לכך נובעת מניהול מערך של ערעורים על-ידי קופות החולים, המייצר חובות במחלוקת הנמצאים זמן רב בתהליכי בירור והתדיינות. יחד עם זאת, יש לציין כי החריגה ממסגרת ימי האשראי כאמור, נמצאת במגמת ירידה במהלך השנים האחרונות.
חובות קופות החולים ב-2005 ירדו בממוצע ל-92 ימי אשראי, ובכך חורגות הקופות לכל הפחות ב-32 ימי אשראי, המשקפים חריגה כספית בהיקף של כ-410 מיליון שקלים למרכזים הרפואיים. כתוצאה מכך, נוצר עומס על תזרימי המזומנים של המרכזים הרפואיים.