בבית המשפט העליון נקבע פה אחד (יום ב', 11.12.06), כי קביעתו של בית המשפט המחוזי באשר לאישומם ולגזר דינם של הנאשמים, שלמה דביר, ירדן מורג ועופר גמליאל, חברי המחתרת היהודית מהישוב בת-עין, יוותר על כנו.
השלושה הואשמו בבית המשפט המחוזי בניסיון לרצח שנעשה בשנת 2002, בסמוך לבית ספר לבנות שבמזרח ירושלים. בגין אישומים אלה נגזרו על עופר ושלמה 15 שנות מאסר בפועל, ועל ירדן, בעקבות חרטה, 12 שנות מאסר בפועל. כאמור, השופטת ביניש, עימה הסכימו הנשיא (בדימ.) ברק והמשנה לנשיאה ריבלין, קיבלה את החלטת המחוזי.
הנאשמים ערערו על גזר דינם. עופר ערער על כך שהואשם כמבצע עיקרי מאחר שהתחרט טרם ביצוע המעשה ולא נכח באירוע עצמו. שלומי ערער על כך שהיתה בכוונתו להרוג, כיוון שלפי מומחה מטעמם של הנאשמים המטען לא יכול היה להתפוצץ, ומכך ניתן ללמוד כי רצונו היה רק ברעש תקשורתי ולא ביותר מכך.
מכתב האישום עולה כי במשך חודשיים תמימים תכננו השלושה להטמין עגלה ובה דלק וגז בסמוך לבית הספר, ואף בדקו את המקום כך שלא ישהו בו יהודים בשעת פיצוץ המטען. שעת הפיצוץ תוכננה לשעות הבוקר, שבהן מגיעות התלמידות הערביות לבית הספר. ביום המתוכנן, לאחר ששלמה וירדן הציבו את העגלה, הם נתפסו על-ידי המשטרה. ירדן אף סייע לחבלני המשטרה לפוצץ את המטען בכדי שלא ייפגעו, בעוד שלמה, בן ה-46, היה אדיש ולא שיתף פעולה.
הנאשמים הודו במעשיהם בחקירתם על-ידי המשטרה, וטענו כי מעשיהם נעשו תוך תחושת הנקמה והעלבון לאחר פיגועי הטרור בזמן שקדם למעשה, בעקבות הפגיעה בקרובים להם. בן היתר ציינו כי אחד המממנים למעשה היה יוסף פס, אביה של שלהבת פס שנרצחה על-ידי צלף פלשתיני.
השופטת אמרה כי הסבל שסבלו ממותם של הקרובים להם בפיגועי טרור אינו מצדיק ואין בו בכדי להקל על גזר דינה של החבורה. העובדה כי הם עשו ככל שביכולתם כדי להשלים את המשימה "הנפשעת", ניסיון לגרום למותם של בני אדם רבים, על לא עוול בכפם, מחייב ענישה מחמירה, אמרה השופטת.
בפסק הדין השופטים שוללים מכל וכל את הטענה כי המטרה לא היתה "קטילה", כי אם מסר תקשורתי גרידא. לדידם, כעולה מנסיבות האירוע ומדפוס פעולתם של הנאשמים, אין ספק כי תחושת הנקם היא שהיתה בראשם.
הנאשמים שינו את גרסתם במהלך המשפט וטענו, על-סמך חוות דעת מומחה מטעמם, כי לא היה ניתן לפוצץ את המטען ולכן אין לראות במעשיהם ניסיון לרצח. מומחה מטעם המדינה טען כי המטען לא יכול היה להתפוצץ בשל פעילותה של המשטרה שפוצצה אותו, ולא מפני שהנאשמים ניטרלו אותו קודם לכן. מה גם, שלפי החוק, גם אם אובייקטיבית לא ניתן לבצע את העבירה, אם הנאשמים לא ידעו על-כך ועדיין פעלו לביצוע המעשה, כפי שכך התרשמו השופטים, הרי שאין לכך משקל והם יואשמו בניסיון לרצח בכל מקרה.
טענותיו של עופר, לגבי העובדה שהתחרט כיוון שרבו הורה לו לא להשתתף בפיגוע המתוכנן, נדחו. זאת משום שגם לאחר שהודיע לחבריו כי נסוג מהתוכנית, לימד אותם כדי להפעיל את שעון המטען, וכן כיוון אותם למקום שבו אוכסנה העגלה הטעונה, בבית הוריו.
על כן, נקבע כי גזר דינם של השלושה לא ישונה, כך שעל עופר ושלמה, המתכננים המקוריים של הפעולה, נגזרו 15 שנות מאסר בפועל, ואילו על ירדן, שבית המשפט ראה בשיתוף פעולתו עם המשטרה לאחר תפיסתו כמעשה חרטה, נגזרו 12 שנות מאסר בפועל.
השב"כ ניסה בעבר לקשור את המחתרת לשורת מעשי רצח של פלשתינים בשטחים שאירעו ב-2001 ו-2002, בהם נהרגו שמונה פלשתינים, אולם רוב ההאשמות לא הוכחו במשפט.
גם נועם פדרמן נעצר בעבר על-רקע מעורבותו לכאורה בחוליית הטרור יהודית. מעצרו המנהלי הוארך, לאחר ששר הביטחון מופז החליט על כך בשל חומר חסוי שהוצג בפניו.