הרב מרדכי אליהו, מראשי מנהיגיה הרוחניים של הציונות הדתית ושל היהדות הספרדית, רומז לרבנות הראשית לישראל לחוות את דעתה בנושא האופן בו יש לנהוג כלפי חברת התעופה אל על, משום שזהו תפקידה.
בתוכנית שאלות ותשובות בערוץ הרדיו החרדי הבלתי מוסדר "קול האמת" נשאל (יום ו', 15.12.06) הרב אליהו האם יש להחרים את החברה בעקבות חילול השבת. הוא ניסה להסביר לשואל כי השיקול רחב יותר, וכי לא הכל צריכים להחרים את החברה, במיוחד אלה שעלולים להפסיד את כספם.
נימת ביקורת לא מבוטלת הרעיף הרב אליהו על ועדת הרבנים למען קדושת השבת, ואמר כי הסמכות להחליט בנושא שכזה אינה מסורה בידם אלא בידי הגוף המיועד לכך, קרי: הרבנות הראשית לישראל. "אמרתי להם כל הזמן", אמר הרב אליהו, "יש רבנים; אני לא מזלזל בשום רב, אבל לדברים ציבוריים יש רבנות ראשית לישראל, יש מועצת הרבנות הראשית לישראל... כל בעיות ההלכה - הם צריכים לפסוק".
הרב אליהו הוסיף ותקף בחריפות: "מה פירוש באים כאן ועד רבנים? אני לא אומר 'לא'. גם כשהייתי רב ראשי התייעצתי עם כל הרבנים, אבל אחרי שהתייעצתי - אמרתי מה לעשות. יש את מועצת הרבנים לישראל. שהם יחליטו, והתפקיד שלהם לומר".
מדבריו של הרב אליהו עולה איפוא, כי כל עוד לא אמרה הרבנות הראשית את דברה בנדון אין הנחיה מצידו להחרים את טיסות החברה. אין זו הפעם הראשונה בה קורא הרב מרדכי אליהו לרב הראשי לישראל, בעקיפין, ליזום כינוס של מועצת הרבנות הראשית לדיון בנושאים ציבוריים שלהם השלכות הלכתיות. קריאה דומה הפנה הרב אליהו ערב ההינתקות בראיון לעלון בתי הכנסת "מעייני הישועה". אולם הרב מצגר בחר להתעלם מבקשתו, ולא ערך דיון של מועצת הרבנות הראשית בנושא.
בראיון שהעניק בסוף השבוע לגלי צה"ל אמר הרב מצגר כי הוא מקווה שיגיעו להסכמה כדי להרגיע את העניינים, ויימצא הפתרון המתאים כדי שלא יהיו חילולי שבת. "אל על היא חברה חשובה לכולנו, חברה יהודית, ישראלית, שכולנו חפצים ביקרה", אמר הרב מצגר, אך נמנע מלהביע חוות דעת הלכתית האם מותר לעשות שימוש בשירותיה. אם ייעתר הרב הראשי מצגר לכנס את מועצת הרבנות הראשית לישראל לדון בנושא, צפוי הרב שמואל אליהו, בנו של הרב מרדכי אליהו, לייצג בוועדה את עמדת אביו, לאחר שזה האחרון נמנע מלאומרה בפומבי.
אמש פרסם Ynet צילום מהשבת האחרונה בה נראה מטוס של אל על מחלל שבת. מאל על נמסר כי מדובר בטיסת מבחן של מטוס מטען וכי במטוס הסתיימה ביקורת תחזוקה והוא המריא לטיסת מבחן, משום שהיה אמור לטוס מיד במוצאי שבת. בוועדה למען קדושת השבת הגדירו את האירוע כ"יריקה בפרצוף".