בית המשפט העליון, בשבתו כבית הדין הגבוה לצדק, קיבל (ד' 14.2.07) את עמדת עמותת אומ"ץ וקבע, כי מינוי של מנכ"ל מד"א אלי בין נעשה באופן בלתי תקין, ועל-כן יבוצע מכרז חדש לבחירת מנכ"ל לתפקיד זה.
שופטי בג"צ קבעו, כי מועד המכרז לתפקיד מנכ"ל מד"א יפורסם בימים הקרובים. אומ"ץ ביקשה לחייב ביצוע מכרז תוך 60 ימים; מד"א ואלי בין ביקשו שהות של שישה חודשים.
השופטים קיבלו את עמדת עמותת אומ"ץ, שטענה בעתירתה כי יש לקבל את המלצות מבקר המדינה, השופט (בדימ.) מיכה לינדנשטראוס, ולפרסם מכרז פומבי לתפקיד מנכ"ל מד"א, בשל אי-סדרים חמורים בתהליך מינויו. עמותת אומ"ץ מציינת כי בית המשפט שיבח בדיון את הבאת הנושא לפתחו וקיבל את עמדת בא כח אומ"ץ, עו"ד אריאל פופר. בימים הקרובים יפרסם בית המשפט את מועד עריכת המכרז.
בפברואר אשתקד פרסם מבקר המדינה דוח חמור על מינויים במד"א. הוא קבע כי המינוי של בין פסול וכי יש לערוך מכרז פומבי חדש. מבקר המדינה ציין, כי בשל תפקידיה המיוחדים והבלעדיים של אגודת מד"א, דרוש לה מנהל שיש לו כישורים שיאפשרו לו לבצע את המוטל עליו ואת המצופה ממנו על-פי החוק. כמו-כן ציין המבקר, שיש להביא את מועמדותו של מנכ"ל מד"א לאישור הוועדה לבדיקת מינויים. "טובת הציבור וטובת מד"א מחייבת קיום מכרז פומבי לבחירת מנכ"ל לאגודה, כפי שהיה נהוג בעבר. מכרז פומבי יאפשר לבחור את המועמד בעל הכישורים המתאימים ביותר לתפקיד", הדגיש המבקר. בעמותת אומ"ץ מציינים כי למרות הדוח החמור, התעלמו במד"א מהמלצת המבקר בנושא זה.
"העובדה כי אלי בין יסיים את תפקידו מעידה כי בישראל יש דין ויש דיין ומעתה לא יזלזלו בהמלצות של מבקר המדינה", אמר מאיר ויסמן, שריכז את הטיפול במד"א במסגרת אחריותו בעמותת אומ"ץ ומוסיף: "בכוונת אומ"ץ להמשיך לעקוב אחר ההתנהלות במד"א גם בהמשך. במסגרת זו אנו נפעל לביטול ההסכם שנכרת עם אלי בין עם מינויו ופועל להסדרת תנאיו היה ויודח. קיומם של תנאים שערורייתיים אלה הוכחש בדיון שנערך בוועדה לביקורת המדינה בכנסת".
עו"ד אריאל פופר אמר: "אנו קוראים לשר הבריאות להגביר את פיקוח משרדו אחר התנהלות מד"א. מדובר בארגון ההצלה הלאומי ומן הראוי שגוף שפועל בכח חוקי מדינת ישראל יפעל בנורמות ציבוריות ראויות וימנה אנשים מהשורה הראשונה לתפקידים בכירים בארגון".
ד"ר אבי וינרוט, עורך דינה של מגן דוד אדום, מסר כי בפסק הדין שניתן נמחקה העתירה שהגישה תנועת אומ"ץ. "בית המשפט העליון קיבל את עמדת מד"א ואת עמדת היועץ המשפטי לממשלה לפיה אין להטיל ספק באמינות גרסתו של מר אלי בין כי פעל בתום לב. בית המשפט קיבל את הסכמת מד"א והיועץ המשפטי לממשלה לקיים מכרז חדש לבחירת המנכ"ל ביום 1.1.08, ודחה את עמדת אומ"ץ לפיה יש לקיימו תוך 90 יום. בית המשפט ציין את החשיבות שייחס היועץ המשפטי לממשלה, בשם משרד הבריאות לכך שמר בין פעל בתום לב, ולכך שהוא ממלא את תפקידו בהצלחה רבה, וזאת במיוחד במהלך המלחמה האחרונה בלבנון. במהלך הדיון ציינה כב' השופטת חיות במפורש כי ברור מאליו הוא שמר בין יוכל להגיש מועמדותו למכרז החדש שיתקיים ביום 1.1.08, כאמור", לשון התגובה.