מוסד אל-אקצה לטיפוח מסגד אל-אקצה והמקומות הקדושים פרסמה (19.2.07) דוח, בו מאשים הארגון "קיצונים יהודים" בתקיפת בית הקברות האיסלאמי בבית שאן, במהלכה נופצו 30 מצבות. הארגון מגנה את חוסר המעש של משטרת ישראל ואי נקיטת הצעדים לאיתור הפושעים למרות הגשת תלונה בעניין זה על-ידי הארגון.
צוות מטעם מוסד אל-אקצה ערך סיור בתחילת השבוע בבית הקברות בעקבות דיווח על הפגיעה בבית הקברות האיסלאמי, ותיעד את הנזק שנגרם למצבות. לדברי מוסד אל-אקצה, ניתוח הממצאים מלמד, כי חילול בית הקברות בוצע בשבועות האחרונים. צוות התחזוקה של מוסד אל-אקצה ביקר בבית הקברות לפני כחודש לצורך סילוק עשבים שוטים ולא הבחין אז בכל נזק במצבות.
מוסד אל-אקצה הגיש תלונה למשטרה בלוויית תמונות המתעדות את הנזק בציינה, כי מדובר בתקיפה שנייה מסוגה של אתרים איסלאמיים בבית שאן בשלוש השנים האחרונות. ב-10 במרס 2004 הוצת, לטענת מוסד אל-אקצה מסגד אל-עומרי והגג קרס כתוצאה מכך.