סטייה מנורמות ופעילות בלתי תקינה של רשויות מקומיות מחד-גיסא, וליקויים יסודיים בטיפולם של משרדי הממשלה בעניינים הקשורים בשלטון המקומי מאידך-גיסא מופיעים בדוח ביקורת שמפרסם הערב (ג', 20.2.07) מבקר המדינה. הדוח הוא הראשון בסדרה של דוחות המסכמים את עבודת ביקורת המדינה בשלטון המקומי בשנת 2006.
בדוח פרקי ביקורת העוסקים הן במעגל העבודה הפנימי של רשויות מקומיות מסוימות והן במישור העבודה המשותף של השלטון המרכזי והשלטון המקומי. הוא עוסק ביישום מסקנותיה של ועדת החקירה הממלכתית בעניין בטיחות מבנים ומקומות המשמשים את הציבור (ועדת זיילר) ומצביע על מחדל מתמשך בטיפול של גורמי השלטון המרכזי והמקומי בסוגיית הטיפול במבנים שנבנו בשיטת פל-קל.
פרק ביקורת אחר עוסק בשאלת קשרי העבודה שבין השלטון המרכזי לשלטון המקומי, וממצאי הביקורת שהועלו בנושא זה מצביעים על חסמים, ביורוקרטיזציה וחוסר יעילות בקשרי העבודה.
שני פרקי ביקורת חושפים כשלי פיקוח ואכיפה בתחום רישוי העסקים: האחד עוסק בהפעלתם של שווקים וירידים בתחומי הרשויות המקומיות; והשני, עוסק בפיקוח של רשויות מקומיות על הפעלת קייטנות. תיקון הליקויים בפיקוח שהועלו בדוחות אלה יש בו כדי למנוע בעתיד פגיעה בתושבים.
בתחום החברתי עוסק הדוח בטיפול הרשויות המקומיות בנערות במצוקה. ממצאי הביקורת בתחום זה מלמדים על פעולתם החלקית והמוגבלת של משרדי ממשלה ורשויות מקומיות בבואם לתת את הפיתרון ההולם לבעיה קשה ונרחבת זו.
לצד פרקי ביקורת אלה מובאים בדוח פרקים העוסקים בתחומי עיסוק שונים של הרשויות המקומיות.
"נבחרים וממלאי תפקידים בשלטון המקומי והמרכזי, שפגעו במעשיהם ובמחדליהם בסדרי השלטון והמינהל התקינים", אמר המבקר לינדנשטראוס בדוח שכתב, "פוגעים למעשה בכל אחד מתושבי המדינה, הזכאים לקבל מהממשל את המענה המיטבי לצורכיהם. אשר על כן ראוי כי הכשלים התפקודיים והסטיות הנורמטיביות ייבחנו הן על-ידי הגופים המבוקרים עצמם, לשם ביצוע הפעולות הדרושות לתיקון הטעון תיקון, והן על-ידי הציבור כולו, לשם מעקב אחר תפקודם ופעולותיהם של מי שנושאים באחריות לטיפול בענייניו".
המבקר הוסיף כי שלטון מקומי הוגן, שקוף ובעיקר טהור מידות הוא השלטון המקומי הראוי למדינה ששמה לה למטרה מרכזית את הטיפול ברווחת הפרט. לדבריו, הסיוע לשלטון מקומי מתקדם, לפי אמות מידה אלה, הוא ממשימותיה של ביקורת המדינה בתקופתנו.