לפי מקורות פלשתינים, כוחות צה"ל החלו (יום ג', 27.2.07) לסגת משכם ולהוציא משם ג'יפים וכלי רכב משוריינים. בקול ישראל דווח כי כוחות של נח"ל, גולני ומג"ב החלו לצאת מהעיר. בצה"ל מסרבים להתייחס לדיווח. מבצע צה"ל בעיר נחשב למבצע הגדול ביותר אחרי מבצע "חומת מגן" משנת 2003. לא ברור עד כה אם מדובר בסופו של המבצע או בהסגה חלקית של הכוחות מהעיר.
בצה"ל מציינים, כי במהלך הפעילות בעיר התגלו שלוש מעבדות נפץ ונעצרו לפחות שישה מבוקשים.
חיילי צה"ל פועלים בשכם מאז יום א'. במהלך הפעילות היו לחיילים תקריות רבות, אך מלבד שני חיילים שנפצעו קל אתמול (ב'), חיילי צה"ל לא נפגעו. מוקדם יותר ביום ב' נהרג מאש צה"ל ענאן א-טיבי, תושב שכם בן 42. השייח' נאיף בריק, המנהל והבעלים של תחנת הטלוויזיה המקומית בעיר, נעצר והחיילים אף החרימו את הציוד והמכשירים האלקטרונים שהיו במקום. לדברי צה"ל,
אמש נחשף חדר ובו מצבור של מכשירי הקלטה ועריכה, מחשבים וקלטוצ וידאו אשר שימשו לצילום מחבלים מתאבדים טרם יציאתם לבצע פיגוע בישראל. בנוסף, במהלך הפרות סדר הושלכו רימונים לעבר כוח מג"ב בעיר.
בתגובה לפעולה הישראלית בשכם, החליטה אוניברסיטת א-נג'אח בעיר להמשיך ולהשבית את הלימודים. צעד דומה נעשה על-ידי משרד החינוך באזור שכם שהחליט לא לקיים את הלימודים בבתי הספר בעיר העתיקה, בראס אל-עין ובהר הצפוני. בשאר בתי הספר שלא נמצאים בטווח אזור הפעולה הצבאית, התקיימו הלימודים כהרגלם. עדי ראיה פלשתינים מסרו, כי כוחות צה"ל השתלטו על בית ספר בעיר העתיקה בשכם והשתמשו בו כמרכז חקירות. למקום הובאו עשרות עצורים ושם הם נחקרו.
ארגון רופאים לזכויות אדם קורא לצה"ל לאפשר את פעילות הצוותים הרפואיים בשכם. בארגון מציינים, כי מאז תחילת הפעילות הצבאית בעיר מוצבים כוחות צה"ל בכניסות של שלושת בתי החולים הגדולים בשכם ועורכים חיפוש באמבולנסים הנכנסים והיוצאים מבתי חולים אלה. "על הצבא לאפשר לצוותי רפואה לנוע בחופשיות ולהסיר נוכחות בקרבת בתי החולים. הצבא חייב לפעול על-פי פסיקת בג"צ", אומרים בארגון.