ליקויים חמורים בזמן המלחמה גם בתפקוד מערכת הבריאות. החולים והנפגעים לא טופלו כנדרש ונגרמו לקבים נזקים חמורים. כך עולה מדוח מיוחד שגובש על-ידי ההסתדרות הרפואית.
במלחמת לבנון השנייה נפצעו יותר מחמשת אלפים בני אדם. מן הדוח עולה תמונה של כשל מערכתי-מובנה בהתנהלות מערכת הבריאות.
ערוץ 2 חשף לראשונה את הדוח המיוחד של ההסתדרות הרפואית, ארגן הגג של רופאי ישראל, המאגד תחתיו 20 אלף רופאים ומהווה גורם חשוב מאד במערכת הבריאות. במסגרת הדוח נאספו עדויות מצד מאות רופאים מבתי חולים, מקופות חולים ומרופאים שנכחו במהלך פינוי של חיילים פצועים. מהעדויות שהוגשו למשרד הבריאות לפני שבועות אחדים עולים כאמור ממצאים חמורים.
בית חולים מלא; בית חולים ריק כך למשל, בנושא פינוי פצועים מן השטח - רופאים במילואים שגוייסו למלחמה סיפרו שבתדריכים המקצועיים שניתנו בצבא הורו להם "להשהות פצועים", כלומר: לעכב את פינויים המהיר ולטפל בהם בשטח, וזאת בניגוד לכל עקרונות הטיפול החדשים בטראומה הגורסות כי יש לפנות פצועים בהקדם האפשרי לצורך קבלת טיפול. פינוי הפצועים התנהל ללא יד מכוונת, וללא שום גורם מקצועי שיעשה קצת סדר. רק במזל, כך על-פי הדוח, נמנעה קטסטרופה.
דוגמה נוספת להתנהלות הייתה אופן חלוקת העומס בין בתי החולים. בעוד שבבית החולים רמב"ם בחיפה אושפזו מאות פצועים, בבית החולים כרמל, המרוחק רק מספר דקות משם, לא נקלטו כלל פצועי מלחמה הן מקרב האזרחים והן מקרב החיילים. יתרה מכך - לא התקיים כלל תיאום בין בתי החולים, וכך - בלי מישהו שיווסת את העברת החולים - עבד רמב"ם תחת עומס עצום שבקלי-קלות יכול היה להצטמצם.
לא רק ניהול חלוקת העומס היה בעייתי. בדוח עלו החלטות תמוהות בנושא סדרי עדיפויות בטיפול: האם לטפל קודם בחייל או באזרח. הנהלת בית החולים רמב"ם בחיפה הורתה להכניס לניתוחים שאינם דחופים, ונקבעו מראש חולים אזרחים במקום פצועים שהגיעו משדה הקרב. זאת למרות העובדה שמדובר בחיילים שהגיעו מותשים לאחר שעות רבות של קרבות, רעבים ועייפים. באותם חיילים טיפל בית החולים רק אחר-כך.
עד היום לא טרחה מערכת הבריאות למגן את בתי החולים בצפון, למרות שהאיום מפני הקטיושות לא פחת. למעשה, רק בית החולים הממשלתי בנהריה ממוגן באופן מלא. האבסורד שהתגלה ברמב"ם היה גדול אף יותר: בשנות השישים נבנה בית חולים תת-קרקעי בשטח בית החולים, אך הוא לא שימש לייעודו המקורי. רק לאחר מספר ימי לחימה הוחלט להעביר חלק מן הפעילות למתחם המוגן, אלא אז התגלה שהחלל לא היה מחובר לביוב ולמים, ושמערכת המיזוג בו קרסה.
חולי הנפש לא מוגנו דוגמה נוספת היא בית החולים הפסיכיאטרי מזרע. ב-27 ביולי 2006 הוחלט כי אין צורך לדאוג למקלטים לחולי הנפש, בשל שיקולי תקציב. יום לאחר מכן פגעה במקום קטיושה, ובדרך נס איש לא נפגע. לאחר האירוע הוחלט לפנות את המקום מיושביו.
התמונה הצטיירת מן הדוח קשה מאוד. כותביו הדגישו כי מטרתו אינה לחפש אשמים או לשמש כוועדת חקירה. "הפחד הגדול שלנו", אמרו, "הוא שאם לא יתוקנו הליקויים המלחמה הבאה תהיה קטסטרופה רפואית".
קופות החולים - תיפקדו היטב (בגביית כספים...) הדוח העוסק גם בקופות החולים, מתאר כי השירותים הרפואיים בקופות, שאמורים היו להיות נגישים גם במהלך המלחמה, לא היו נגישים. אולם בדבר אחד, מתברר, פעלו הקופות מעל המצופה...: "זה המקום לציין כי מערך הגבייה של קופות החולים עבד ביעילות מפתיעה נוכח הקושי שנתגלה בפנים השונות בעבודת המרפאות".