הרכב של חמישה משופטי בג"צ הורה (ג', 20.3.07) ליועץ המשפטי לממשלה לשקול האם בכוונתו לתקן את הדוח שהוציא נגד הרב מצגר, כך שיסיר את המלצתו להדיח את הרב מתפקידו. החלטת היועץ המשפטי לממשלה, אשר בגינה הוגשה העתירה לבג"צ, אומנם סגרה את תיק החקירה נגד הרב מצגר, אך בה בשעה המליצה כי מצגר לא ימשיך להחזיק בתפקידו.
במהלך הדיון הביעו השופטים דעתם כי היועמ"ש חרג מסמכותו כאשר המליץ לרב להתפטר. נשיאת בית המשפט העליון, דורית ביניש, טענה כי גם דברי ה"שמועות ורכילויות", אשר הוצגו בדוח נגד הרב, אין להם מקום. מקורבי הרב הראשי מסרו ל-Nfc כי הם מצפים שיעשו בעניינו של הרב אותם הדברים אשר היו נעשים בעניינו של האדם הפשוט. "הרב אינו מבקש פריבילגיות", מסרו.
טענה נוספת אשר עלתה בדיון ומהסובב סביבו, הייתה לעניין תקפותו של החומר שהוצג נגד הרב. הטענה היא כי החומר נאסף כבר לפני חמש או שש שנים. החומר היה מונח בפני הוועדה לבחירת הרבנים הראשיים ואף נדון בעבר בפני בג"צ בעתירתה נגד המינוי.
הדוח, אשר פורסם על-ידי היועמ"ש מני מזוז לפני שנה ומחצה, קבע קביעות נחרצות נגד הרב מצגר ומנה חשדות כי הרב קיבל טובות הנאה ממלון מצודת דוד בירושלים. מזוז החליט לסגור את התיק מחוסר ראיות, לא לפני שהטיל דופי בדבריו של הרב מצגר. מזוז אף המליץ לפתוח בהליכי הדחה, במידה והרב לא יפנים את הביקורת ויסיים את תפקידו.
