שיער אפור הוא בדרך כלל תוצאה של הזדקנות טבעית. הפיגמנטים בשיער מגיעים מתאים מיוחדים בשורש השערה. תאים אלו מתוכנתית גנטית לייצר כמות מסויימת של פיגמנט (מלנין) בגילאים מסויימים.
בשלב מסויים בתהליך ההזדקנות, תאים אלו מייצרים פחות ופחות פיגמנטים עד שהשיער מכיל כמות קטנה מאוד מהם. לשיער לבן אין פיגמנטים כלל, ולשיער אפור יש מעט אך לא כמו לשיער אדום, שחור או חום.
לא כל סוגי השערות מגיבות באותה דרך לכן התהליך של האפרת השיער הוא בדרך כלל הדרגתי. לא ניתן למנוע אותו. ישנם אנשים המתחילים להאפיר בשנות ה-30 לחייהם, ואחרים לא לפני שנות ה-60. גנטיקה משחקת תפקיד משמעותי בהאפרת השיער.
אנשים לעיתים רחוקות מאפירים בן לילה. אם הדבר קורה, הרי שהוא נובע בדרך כלל מ'אלופסיה אראטה'. מצב זה גורם לשערות הכהות והעבות יותר להפסיק לגדול לפני שהוא משפיע על גדילת השערות האפורות - ובכך גורם לתחושה של שינוי בצבע השיער המתרחש בן לילה. 'אלופסיה אראטה' גורם בסופו של דבר לחלקות עגולות של אובדן שיער או לאיבוד של כל שיער הראש או הגוף. הגורם למצב אינו ידוע.
