בג"צ דחה את העתירה להתיר מחר הקרבת קרבן פסח על הר הבית. העותרים - נאמני הר הבית ומנויי קרבן הפסח מטעם הסנהדרין טענו, כי הקרבת קרבן הפסח היא מצווה ייחודית שיש לה מקום וזמן מסוימים, וביקשו למלא מצווה זו כחובה דתית. המשיבים - המדינה, היועמ"ש והמשטרה ביקשו מבג"צ לדחות את העתירה, וציינו כי התשובה לעותרים אכן ניתנה על-ידי המשטרה בלבד, וזאת בשל המועד המאוחר בו נעשתה הפנייה לראש הממשלה. המשיבים טענו כי מול זכויותיהם של העותרים עומדים אינטרסים אחרים כמו שמירה על הסדר הציבורי, על שלום הציבור וביטחונו וכי על זכויות העותרים לסגת אם קיים חשש ברמה של קרבה לוודאות לפגיעה ממשית באינטרס הציבורי.
עוד הדגישו, כי "בנוסחת האיזון יש ליתן משקל לרגישות המיוחדת של הר הבית ולמטען שהוא נושא". הם תיארו כיצד בעבר בנסיבות שונות פרצו מהומות קשות בהר הבית שהובילו לפגיעה באזרחים ובשוטרים. מפקד מחוז ירושלים, ניצב אילן פרנקו, הגיע למסקנה כי קיום הטקסים כבקשת העותרים יביא, ברמה קרובה לוודאות, לפגיעה ממשית וקשה בסדר הציבורי ובשלום הציבור. הערכתו התבססה על רגישותו של הר הבית בכלל, אך גם על הרגישות המיוחדת בתקופה הנוכחית נוכח אירועי "שער המוגרבים" שאירעו לאחרונה, וכן על הערכות מודיעין לפיהן קיום הטקסים על הר הבית יגרור, ברמה הקרובה לוודאות, מהומות קשות ביותר ושפיכות דמים. המשיבים טענו כי החלטתו של מפקד המחוז בנסיבות אלה היא החלטה סבירה שניתנה בסמכות על-ידי הגורם שעל כתפיו מוטלת האחריות לביטחון ולסדר הציבורי ואין עילה להתערב בה.
שופטי בג"צ מרים נאור, עוזי פוגלמן ואליקים רובינשטיין הגיעו לכלל מסקנה כי דין העתירה להידחות ואין מקום להתערבות בהחלטת מפקד המחוז. "אכן, ירושלים אינה כשאר ערים שבעולם, והר הבית אינו כשאר מקומות שבירושלים", ציטטו השופטים את בג"צ 2431/95. ואף הביאו מדברי הנשיאה ביניש, כי "נוכח מרכזיותו וחשיבותו הרבה של הר הבית גם לבני דתות אחרות, הסכנה הנובעת מהתלקחות האלימות שם אינה בגדר סכנה מקומית בלבד והיא עלולה להוביל להתלקחות שאופיה יסכן את הביטחון גם מחוץ לגבולות המדינה והאזור. לכך יש להוסיף כי למתרחש בהר הבית השפעה על שיקולים מדיניים ועל יחסי החוץ של המדינה. בהתחשב בכל אלה, מהווה הר-הבית מקום בעל רגישות ייחודית ויוצאת-דופן, ולפיכך השמירה על הסדר הציבורי בו מחייבת זהירות מרבית" (בג"צ 8988/06).
השופטים הסכימו כי אין ליתן וטו לקהל עוין המבקש לפגוע, בדרכי אלימות בזכויותיהם של אחרים. "בצדק טוענים העותרים כי לא ניתן לממש את בקשתם, אלא במקום מסויים ובזמן מסוים. לא ניתן (כמו בפרשת משי זהב) להפנותם למקום אחר ולזמן אחר. ואולם - היא הנותנת שלאור האינפורמציה שבידי מפקד המחוז לא ניתן, לעת הזו, להיענות לבקשת העותרים. בכך - אין מקום להתערבותנו", קבעו השופטים בפסק דינם.
"החששות אינם נטולי יסוד" השופט רובינשטיין אמר כי העותרים ושכמותם מבטאים תסכול מתמשך, שניתן להבין ללב החשים בו, באשר לזכויות יהודים בהר הבית - במיוחד זכויות תפילה, או כנטען עתה גם זכויות פולחן כאלה או אחרות - במיוחד אל מול הכחשתן של זכויות יהודים בו מכל וכל על-ידי צדדים עוינים. "בנוסף לכך שנושא העתירה לא הובא לפני הממשלה... איננו יכולים להביע דעה באשר לתקפותה ההלכתית של המשאלה להקרבת קרבן פסח, שלא הועלתה על-ידי העותרים בפני הגורמים ההלכתיים הממלכתיים, כגון הרבנות הראשית. אך נודה על האמת: מעבר לשאלות ההלכתיות, ובמידה רבה אף אל מול שאלת הזכויות, עמדתן החוזרות ונשנות של ממשלות ישראל יסודה במישור הביטחוני. אין בידינו כלים לומר, כי חשש זה מבוטל. לא הרי סיטואציה זו - והדבר נהיר גם לעותרים - כהרי החששות לפגיעה בסדר הציבורי שהועלו בבג"צ 3358/95... לא קשה להניח, כי החששות הביטחוניים הכרוכים בצעד החדשני - אחרי 2,000 שנה - שמבקשים העותרים לעשות, ושוב, בלא שאביע כל דעה באשר לפן ההלכתי, אינם נטולי יסוד.
הוא הוסיף כי כאז כעתה במקומם עומדים דברי השופט גולדברג בבג"צ 7128/96, שנאמרו לפני עשור: "על הדרג המדיני, ולא על בית המשפט, לתת תוכן ומשמעות לקריאה ההיסטורית, 'הר הבית בידינו'".
