שגריר הוותיקן בישראל, הארכיבישוף אנטוניו פרנקו, הודיע (יום א', 15.4.07) לנציגי משרד החוץ בירושלים, שישתתף בטקס הזיכרון הממלכתי לשואה ולגבורה שיתקיים הערב במוזיאון "יד ושם" בירושלים.
לפני שלושה ימים התערערו היחסים בין "הכס הקדוש" לבין ישראל, לאחר שפרנקו הודיע כי לא יגיע לטקס הממלכתי, בשל טענתו כי "יד ושם" פוגע ברגשות הקתולים. בכיתוב ליד תמונת האפיפיור מתקופת מלחמת העולם השנייה, פיוס ה-12, נכתב "אפילו כשדיווחים על רצח יהודים הגיעו לוותיקן, האפיפיור לא מחה. פיוס שמר על עמדתו הנייטרלית".
בדברים מצוין עוד כי האפיפיור סירב להצטרף לעצומת הגינוי של רצח יהודים בשנת 1942, אך חרג מעמדתו הניטרלית כאשר פנה למנהיגי הונגריה וסלובקיה בבקשה לסיים את המלחמה. התמונה הופיעה לראשונה במוזיאון החדש לתולדות השואה שנפתח במרס 2005. בתחילת שנת 2006 פנה שגריר הוותיקן הקודם ליד ושם בבקשה לשנות את הכיתוב. מיד ושם נמסר אז לשגריר בתגובה כי המוזיאון מוכן לבחון את התנהלותו של פיוס ה-12 בשואה אם הוותיקן ייפתח את הארכיון שלו מזמן השואה לעיון חוקרי המוזיאון. אולם, ארכיון הוותיקן לא נפתח לעיון, והכיתוב לא שונה. כתוצאה מכך החליטו בוותיקן לבטל את השתתפותו של השגריר בטקס.
יד ושם מסר בתגובה: "אנו חושבים שהחלטתו של נציג הוותיקן להגיע לעצרת ביד שם ולהזדהות עם זכר הקרבנות היא המעשה הנכון. יד ושם סבר מלכתחילה כי לא ראוי היה לערב סוגיות של מחקר היסטורי עם הנצחת זכרם של קרבנות השואה".