בדיקת המבקר במשרד החינוך עסקה במספר תחומים: שיטות בחינה כשיטת הצבירה במתימטיקה, ושיטת המיקוד, הנהגת מועד ב', התאמות לתלמידים ליקויי למידה וטוהר הבחינות.
'שיטת המיקוד' קבעה כי על התלמידים להיבחן על כארבע שביעיות מחומר הלימוד בכל אחד ממקצועות החובה. השיטה הופעלה במשך שמונה שנים אך לפי בדיקת המבקר משרד החינוך לא בדק את האפקטיביות שלה. יתירה מכך, המבקר מציין כי בכירים במשרד החינוך סבורים ששיטת המיקוד בעייתית, ו"חלקם אף סבורים שיש לבטלה". המבקר מוסיף כי לאחר הבדיקה לדעתו על הנהלת המשרד "לבחון בתשומת לב את תוצאות יישום שיטת המיקוד ואת הביקורת עליה כדי להחליט אם יש מקום להמשיך בהפעלתה".
מועד ב' - לשקול לבטל המבקר מוסיף כי בשנת הלימודים תשס"א הנהיגה שרת החינוך דאז, לימור לבנת, מועד ב' לבחינות במתמטיקה ובאנגלית, "כדי לתת לתלמידים הזדמנות לשפר את ציוניהם". המבקר מציין כי בסופו של דבר התברר כי "מועד ב' משמש לריווח לוח הבחינות". יתרה מכך לדעת המפקחים על האנגלית והמתימטיקה הנהגת מועדי ב' פגעה באיכות בדיקת מחברות הבחינה של מועד הקיץ, "זאת - עקב הצורך לפרסם את הציונים לפני בחינות מועד ב'". המבקר סבור כי משרד החינוך צריך לשקול אם התועלת ממועד זה "מצדיקה את השפעותיה על איכות בדיקת מחברות הבחינה במועד הקיץ".
ההקלות - השיטה גוררת אי שיוויון בין התלמידים נושא נוסף שנבדק על-ידי המבקר, הוא ההתאמות לתלמידים לקויי למידה. תלמיד נחשב לקוי למידה אם יש פער ניכר ומתמשך בין הישגיו בלימודים ובין רמת כיתתו וההישגים שהיה צפוי להשיג תלמיד בגילו, ואם יש פער ניכר בין הישגיו בלימודים ובין כישוריו האינטלקטואליים לפי ממצאי מבחני המשכל. ההתאמות נועדו למנוע מליקוי הלמידה להוות מגבלה בכל הנוגע למתן ביטוי לידע שרכש.
המבקר מציין כי עפ"י בדיקה שערך עולה חשש לאי שיוויון בין התלמידים, וזאת כיוון שנמצא כי אושרו התאמות רבות מידי לתלמידים ב'בתי ספר מסוימים', ומעטות מהנדרש בבתי ספר אחרים.
מדובר בנתונים על פיהם עולה כי ב-47% מ-840 בתי ספר שהגישו תלמידים בכיתות י"ב לבחינות בגרות בשנת הלימודים התשס"ו (2005-2006) ואינם בתי ספר לחינוך מיוחד, ל-25% או יותר מהתלמידים בכיתות י"ב אושרה התאמה אחת או יותר, ואילו ב-26% מהם ל-10% מהתלמידים לכל היותר אושרה התאמה. ב-192 בתי ספר היה שיעור התלמידים שאושרו להם התאמות 30% ומעלה, 3 מהם מהמגזר הערבי והשאר מהמגזר היהודי. ב-31 בתי ספר היה שיעורם 50%-60%; ב-8 בתי ספר היה שיעורם 60%-70%; וב-11 בתי ספר היה שיעורם גדול מ-70%.
המשגיחים לא השגיחו כנדרש פרק נכבד בביקורתו מקדיש המבקר לטוהר הבחינות. הוא מציין כי בקיץ התשס"ה נפסלו 8,532 מחברות בחינה (כ-0.67% מהמחברות) בשל עבירות על כללי טוהר הבחינות, ול-6,714 תלמידים נפסלה מחברת אחת לפחות (2.4% מהנבחנים). עוד נמצא כי למרות שמשרד החינוך רכש שירותי השגחה בבחינות הבגרות משלש חברות הוא לא בדק שהמשגיחים עמדו בקריטריונים שקבע. "נמצא שאת רובן המכריע של העבירות על כללי טוהר הבחינות (90%) לא איתרו המשגיחים אלא המעריכים. לדעת משרד מבקר המדינה, ממצאים אלה וממצאים אחרים מלמדים שלעתים לא ביצעו המשגיחים כראוי את תפקידם בכל הנוגע לטיפול בעבירות על כללי טוהר הבחינות".
בסיכום בדיקתו, כותב המבקר כי "יישומם של מודל הצבירה במתמטיקה ושל שיטת המיקוד, לעתים בניגוד לעמדת אנשי מקצוע; אישור התאמות לתלמידים שאינם זכאים להן; והיעדר טיפול הולם בעבירות על כללי טוהר הבחינות - עלולים להעלות באופן מלאכותי את הציונים בבחינות הבגרות. בכך הם פוגעים בעיקרון של מתן הזדמנות שווה ובהגינות של בחינות הבגרות ובמטרתן העיקרית - מתן ביטוי נאות לרמת הידע של הנבחנים".
