זכורה מגיפת שפעת העופות שפרצה במרץ 2006, ומראות אלפי העופות המוטלים בערימות לפני קבורתן, לצורך מניעת התפשטות המחלה. בבדיקת המבקר עולה כי היתה התראה אך ההיערכות אליה היתה לקויה. יתירה מכך, המגיפה עלולה לשוב "והיא עשויה לפרוץ במוקד אחד, בכמה מוקדים או במוקדים רבים בה בעת".
בביקורת מציין המבקר, כי "לפי אופן התפרצות המגיפה במרבית המדינות האחרות, ההתפרצות בשנים 2003-2004 היתה רב-מוקדית: בהולנד פרצה המגיפה ב-20 מוקדים; בדרום קוריאה ב-17 מוקדים ובקנדה ב-42 מוקדים".
עוד הוא כותב, כי "השירותים הווטרינריים בארץ לא היו ערים לכך דיים. הבדיקה העלתה כי אף ששנתיים לפני פרוץ המגיפה קיבל משרד החקלאות התרעות בעניינה מרחבי העולם והחל להיערך לקראת הבאות, היערכות משרד החקלאות והשירותים הווטרינריים היתה לקויה; ככלל לא נערכו להתפרצות המגיפה במספר מוקדים ובמקום להכשיר עתודה מקצועית לטיפול בהתפרצות רב-מוקדית, הסתפק המשרד בהכשרת עובדים לטיפול בהתפרצות חד-מוקדית".
עם פרוץ המחלה היה צורך להקים מוקדי בקרה שיעקבו אחר התפשטות המגיפה ויפקחו על הטיפול בה בסמוך לאזור האירוע. בפועל קובע המבקר, "רק לאחר חמישה ימים מפרוץ המגיפה הקים משרד החקלאות חפ"ק (חבורת פיקוד קדמי), ועקב כך נפגמה יכולת הניהול, השליטה והבקרה.
המבקר מותח ביקורת על אופן המתת העופות שהיה בה כדי לסכן את העובדים. "השיטה שבאמצעותה הומתו העופות - הצמאת העופות במשך 24 שעות לפחות והרעלתם ברעל זרחני - לא היתה יעילה: חלק מהעופות שהורעלו לא מתו, והיה צורך להמיתם אחד אחד באמצעות נקיעת צווארם. עקב כך התעכבה המתת העופות הנגועים, ונדרש כוח אדם נוסף והעובדים היו חשופים לנגיף זמן רב יחסית והיה בכך כדי לסכנם אף שהם לבשו בגדי מגן".
במסגרת המסקנות קורא המבקר למשרד החקלאות להפיק לקחים ולהודיע לממשלה ולכנסת אם הוא ערוך כנדרש להתמודדות עם התפרצות נוספת של המגיפה ולאלו אמצעים הוא זקוק לצורך ההיערכות. בכלל זה קובע המבקר, יש להסדיר סוגיית התקציב לחירום. "משרד מבקר המדינה מדגיש כי משרד החקלאות נושא באחריות לנושא זה".
המבקר מציין עוד, כי ההצלחה בבלימת התפשטות המגיפה בעתיד תלויה במהירות התגובה של הגופים הממונים על הטיפול במגיפה בכלל ושל השירותים הווטרינריים בפרט, וכן בנחרצותם וביעילותם. לצורך כך יש צורך בכוח אדם אשר יעסוק במיגור המגיפה ובעבודת המטה. כמו כן יש צורך לבצע תרגילים היערכות ולהעניק סמכויות לרשות השירותים הווטרינריים.
המבקר קורא להחיש את סיום עידכון הנהלים והפצתם, לבצע תרגילים מעשיים בשיתוף כל הגופים המופקדים על הטיפול במגיפה, להשלים את הכשרת העתודה המקצועית המופקדת על הטיפול במגיפה בשעת חירום ואת ההתקשרות עם קבלנים. כמו כן, על משרד החקלאות ומשרד האוצר לפעול יחד לגיבוש כל ההסדרים להבטחת מימון שוטף של כל הפעולות הנדרשות בשעת חירום, "כדי להבטיח שביצוען יהיה תקין, מהיר ומקצועי כנדרש. פעולה כזו עשויה להועיל לצמצום נזקים כלכליים ובריאותיים כאחד אם תשוב ותפרוץ המגיפה". בעתיד".
