שנת המלחמה בלבנון לא עשתה טוב לצה"ל. בשנת 2006 חל גידול בקבילות חיילי חובה לנציב קבילות חיילים (4,098), ב-200 קבילות יותר מאשר בשנת 2005 (3,903). הדוח השנתי לשנת 2006 של נציב תלונות החיילים הוגש היום על-ידי הנציב, תא"ל (מיל.) אבנר ברזני, לוועדת חוץ וביטחון.
מקבילות חיילי החובה עולה כי חל גידול בתלונות בנושא יחסי מפקד-פיקוד (2,916 תלונות) בכל הקשור לתחום של אלימות מפקדים, נוקשות יתרה, ואטימות לרגישות באשר לפקודיהם. מקצתם של המפקדים עליהם מותח הדוח ביקורת הינם בכירים. "מפקדים אלה מנהלים מאבק כוחני בחיילים הנתקלים בקשיים במקום לסייע להם, ובוחרים לגבות את מפקדי המשנה בלי לבדוק את טענות החיילים. קצינים בדרגות בכירות ניצלו לרעה את סמכותם ואת מעמדם, פגעו בזכויות החיילים ורמסו את כבודם", נכתב בדוח.
הנציב אמר לחברי ועדת חוץ וביטחון כי הממצאים נגד המפקדים המעורבים באלימות, באטימות ובנוקשות יתר הועברו לידיעת רשויות צה"ל, וחלקם הועמד לדין, ואף שוחרר מהשירות. כן מתייחס הדוח לתלונות בנושא נוקשות-יתר למתגייסים בבסיס קליטה ומיון ובהכשרות ראשוניות בצה"ל והטירונות. בין היתר הועמדו טירונים לפרקי זמן ממושכים אל מול קיר. כמו-כן נעשה שימוש נמהר באמצעי כפייה קיצוניים וכוחניים במקום לנסות להקל על המתגייסים ולסייע להם.
עלייה בתלונות החיילים במלחמה מהדוח עולה, כי בשנת 2006 לא חל שינוי בסך כל התלונות שהוגשו לעומת שנת 2005, ואף קיימת ירידה ב-25% בכמות התלונות שהוגשו על-ידי אנשי מילואים (759 תלונות בשנת 2006 לעומת 983 תלונות בשנת 2005). אולם במהלך המלחמה חלה עלייה של 17% במספר הקבילות של חיילי המילואים.
במהלך שנת 2006 הוגשו לנציב קבילות החיילים 6,076 קבילות מתוכם 60.6% נמצאו כמוצדקים לאחר בירור. בקרב חיילי החובה נמצאו 36.8% מסך התלונות כמוצדקות.
עיכובים באבחון מחלות חיילים ברזני הוסיף ואמר כי השנה יש ירידה במספר הקבילות בנושאי רפואה (241 תלונות) לעומת שנת 2005 (349 תלונות), וזאת עקב פעילות יישומית בה נקט חיל הרפואה נקט לאחר פרסום דוח שנת 2005. בתחום הרפואי הוגשו קבילות על עיכוב באבחון מחלות, על קוצר רוח של רופאים צבאיים, על התעלמות מטענות וכן על חוסר אמון מוחלט כלפי חיילים. חיילים נחשפו גם לקרינה, לאסבסט ולחומרים מסוכנים אחרים בלי לנקוט אמצעי בטיחות ומיגון. הייתה גם היערכות לקויה במניעת מחלת השחפת ובפיקוח עליה. מורות-חיילות נחשפו למחלה.
ליקויים נמצאו בבתי הכלא הצבאיים, ובהם טיפול רפואי ירוד בכלואים, אזיקתם בידיים וברגליים במהלך אשפוז, כשלים בהסעת כלואים לטיפולים רפואיים וכן דיווחים בלתי מהימנים של מדריכי הכלואים.
