שר התמ"ת, אלי ישי (שס), התייחס (ב', 4.6.07) לדוח מבקר המדינה בנושא תוכנית ויסקונסין, ואמר כי "הממצאים שהמבקר מצא הם חמורים אך אינם מפתיעים אותי. המתכונת הנוכחית של התוכנית תשתנה בעתיד הקרוב".
בחודש יולי אמורים להחליט במשרד התעשיה, המסחר והתעסוקה על המשך פעילותה של תוכנית ויסקונסין, הרחבתה, שינויים בתוכן הפעילות ועוד. "חייבים לבצע שינויים בסיסים שיכללו הוצאת מחוץ למעגל המשתתפים את הקשישים, הנכים וכל מי שלא יכולים להיות בתוך התוכנית. כמו כן, יש לבחון מחדש את קבוצת המשתתפים מעל גיל 45 שאין להם כשירות פיזית לעבודת רס"ר על-מנת לקבל את הקצבה", אמר השר.
לדבריו, "רק אם השינויים האלה יכנסו לתוקף, יחודש אישור הפעלת התוכנית עד לשנת 2008. אם לא, התוכנית הזו במתכונתה הנוכחית תבוטל". השר ישי סיפר כי אנשי משרדו עובדים על חלופות ואלטרנטיבות כדי שעד סוף החודש תהיה מתכונת חלופית לטובת המובטלים המשתתפים בתוכנית. "אנו גם עובדים על בחינה מחדש של אלטרנטיבה לטובת אלה שנפלטו מהתוכנית משום שלא עמדו בקריטריונים", אמר.
גם ח"כ ליה שמטוב (ישראל ביתנו), יו"ר השדולה בכנסת למאבק בהשלכות תוכנית ויסקונסין, לא הופתעה מדוח מבקר המדינה. "אני דורשת להעמיד לדין את כל מי שעבר על החוק והתעלל במשתתפי התוכנית. בנוסף אני קוראת לממשלה לסגור לאלתר את התוכנית ולפצות את כל המשתתפים". עוד אמרה כי "זהו המסמר האחרון בארון הקבורה של התוכנית האומללה".